Species identification of spider mites (Tetranychidae: Tetranychinae): a review of methods

Vavilovskii Zhurnal Genet Selektsii. 2023 Jun;27(3):240-249. doi: 10.18699/VJGB-23-30.

Abstract

Spider mites (Acari: Tetranychidae) are dangerous pests of agricultural and ornamental crops, the most economically significant of them belonging to the genera Tetranychus, Eutetranychus, Oligonychus and Panonychus. The expansion of the distribution areas, the increased harmfulness and dangerous status of certain species in the family Tetranychidae and their invasion of new regions pose a serious threat to the phytosanitary status of agro- and biocenoses. Various approaches to acarofauna species diagnosis determine a rather diverse range of currently existing methods generally described in this review. Identification of spider mites by morphological traits, which is currently considered the main method, is complicated due to the complexity of preparing biomaterials for diagnosis and a limited number of diagnostic signs. In this regard, biochemical and molecular genetic methods such as allozyme analysis, DNA barcoding, restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP), selection of species-specific primers and real-time PCR are becoming important. In the review, close attention is paid to the successful use of these methods for species discrimination in the mites of the subfamily Tetranychinae. For some species, e. g., the two-spotted spider mite (Tetranychus urticae), a range of identification methods has been developed - from allozyme analysis to loop isothermal amplification (LAMP), while for many other species a much smaller variety of approaches is available. The greatest accuracy in the identification of spider mites can be achieved using a combination of several methods, e. g., examination of morphological features and one of the molecular approaches (DNA barcoding, PCR-RFLP, etc.). This review may be useful to specialists who are in search of an effective system for spider mite species identification as well as when developing new test systems relevant to specific plant crops or a specific region.

Паутинные клещи (Acari: Tetranychidae) являются опасными вредителями сельскохозяйственных и декоративных культур; наиболее экономически значимые из них относятся к родам Tetranychus, Eutetranychus, Oligonychus и Panonychus. Расширение ареалов распространения, усиление вредоносности и статуса по степени опасности отдельных видов тетранихид, инвазия опасных вредителей в новые регионы представляют серьезную угрозу для фитосанитарного состояния агро- и биоценозов. Различные подходы к видовой диагностике акарофауны определяют достаточно разнообразный спектр существующих в настоящее время методов, общая информация по которым приведена в данном обзоре. Идентификация паутинных клещей по морфологическим признакам, считающаяся основным методом, осложнена вследствие трудоемкости подготовки биоматериала для диагностики и ограниченного числа диагностических признаков. В связи с этим важное значение приобретают биохимические и молекулярно-генетические методы, такие как аллозимный анализ, ДНК-штрихкодирование, полиморфизм длины рестрикционного фрагмента (ПЦР-ПДРФ), подбор видоспецифичных праймеров, ПЦР в реальном времени и изотермическая амплификация. В обзоре пристальное внимание уделено успехам применения этих методов для видовой дискриминации клещей подсемейства Tetranychinae. Для некоторых видов, например обыкновенного паутинного клеща (Tetranychus urticae), разработан спектр методов идентификации – от аллозимного анализа до петлевой изотермической амплификации (LAMP), тогда как для многих других видов доступно гораздо меньшее разнообразие подходов. Наибольшей точности в определении паутинных клещей можно добиться, используя комбинацию нескольких методов, например осмотр морфологических признаков и один из молекулярных подходов (ДНК-штрихкодирование, ПЦР-ПДРФ и др.). Обзор может быть полезен специалистам, находящимся в поиске эффективной системы для видовой дискриминации паутинных клещей, а также при разработке новых тест-систем, актуальных для конкретных культур растений или определенного региона.

Keywords: COI; DNA barcoding; ITS; MALDI-TOF MS; PCR-RFLP; allozyme analysis; species identification; spider mites.