Introduction: Ixodes ticks are vectors for pathogens of many infectious diseases. Recently, during the study of Rhipicephalus geigyi ticks collected from livestock in the Republic of Guinea, a new multicomponent flavi-like RNA virus, called Kindia tick virus (KITV), was discovered with an unusual mechanism for the implementation of genetic information. The aim of the work is to detect and study the genetic diversity of KITV in ixodes ticks collected in the territory of the Kindia province of the Republic of Guinea.
Material and methods: In 2021, 324 specimens of ticks of the species Amblyomma variegatum, Rh. geigyi, Rh. annulatus, Rh. decoloratus, Rh. senegalensis were collected from cattle. The detection of viral RNA was carried out in individual samples of ticks by RT-PCR, followed by the determination of the nucleotide sequence and phylogenetic analysis.
Results and discussion: KITV detection rates in ticks of the species Rh. geigyi was 12.2%, Rh. annulatus 4.4%, Rh. decoloratus 3.3%. However, the KITV genetic material has not been identified in Am. variegatum ticks, which are one of the dominant species in West Africa. For all virus isolates, a partial nucleotide sequences of each of the four viral segments (GenBank, OK345271OK345306) were determined. The phylogenetic analysis showed a high level of identity (98.599.8%) for each of the four segments of the viral genome with those previously found in the Republic of Guinea. The obtained KITV isolates are most genetically close to Mogiana tick virus, which was previously detected in South America in Rh. microplus ticks and significantly differed from other multicomponent viruses circulating in Europe and Asia, including the Russian Federation.
Conclusion: KITV genetic material was found in three species of ixodid ticks collected from livestock in a number of prefectures of the Republic of Guinea. The infection rate in ticks was 3.312.2%. The continuation of research in this direction remains relevant.
Введение. Иксодовые клещи переносчики возбудителей многих инфекционных болезней. Недавно при исследовании клещей Rhipicephalus geigyi, собранных с домашнего скота в Гвинейской Республике, обнаружен новый многокомпонентный флавиподобный РНК-содержащий вирус, получивший название Kindia tick virus (KITV), с необычным механизмом реализации генетической информации. Цель работы обнаружение и исследование генетического разнообразия KITV в иксодовых клещах, собранных на территории провинции Киндиа Гвинейской Республики. Материалы и методы. В 2021 г. с крупного рогатого скота собрано 324 экземпляра клещей видов Amblyomma variegatum, Rh. geigyi, Rh. annulatus, Rh. decoloratus, Rh. senegalensis. Детекция вирусной РНК проводилась в индивидуальных образцах клещей методом ОТ-ПЦР с последующим определением нуклеотидной последовательности и проведением филогенетического анализа. Результаты и обсуждение. Инфицированность KITV клещей вида Rh. geigyi составила 12,2%, Rh. annulatus 4,4%, Rh. decoloratus 3,3%. Однако генетический материал KITV в клещах Am. variegatum, являющихся одним из доминирующих видов в Западной Африке, выявлен не был. Для всех изолятов вируса определена частичная нуклеотидная последовательность каждого из четырёх вирусных сегментов (GenBank, OK345271OK345306), филогенетический анализ которых показал высокий уровень их тождественности (98,599,8%) по каждому из четырёх сегментов вирусного генома с ранее обнаруженными в Гвинейской Республике. Полученные изоляты KITV наиболее генетически близки к Mogiana tick virus, который ранее был обнаружен в Южной Америке в клещах Rh. microplus, и существенно отличаются от других многокомпонентных вирусов, циркулирующих в странах Европы и Азии, в том числе и в Российской Федерации. Заключение. Генетический материал KITV обнаружен в трёх видах иксодовых клещей, собранных с домашнего скота ряда префектур Гвинейской Республики. Уровень инфицированности клещей составил 3,312,2%. Актуальным остаётся продолжение исследований в данном направлении.
Keywords: KITV; Kindia tick virus; Republic of Guinea; ixodid ticks; multicomponent flavi-like viruses.