Introduction: On the territory of Russia four species of lyssaviruses (genus Lyssavirus) were identified, three of them caused human deaths.
The aim of work: to characterize fatal cases in humans after contacts with bats in the Far East in 20182021 and to perform typing of isolated pathogens.
Materials and methods: Lyssavirus infection was confirmed in samples of sectional material from people who died in the Amur Region in 2019, in the Primorsky Krai in 2019 and 2021. Diagnostics was performed by fluorescent antibody test (FAT) and RT-PCR using diagnostic kits of domestic production. Viruses were isolated in a bioassay. The nucleoprotein sequences were analyzed after 1st passage. The analysis of phylogenetic relationships and the construction of a dendrogram were performed using the MEGA7 software.
Results: The viruses that caused the fatal cases in humans in the Amur Region and Primorsky Krai share more than 90% identity to Lyssavirus irkut detected in Russia and China. Together they form a separate monophyletic cluster with 100% bootstrap support.
Conclusion: On the territory of Russia, monitoring of bat populations for infection with lyssaviruses is relevant. The material of people who died from encephalomyelitis of unknown etiology within 1015 days from the onset of the disease must be examined for lyssavirus infection. It is necessary to develop PCR assays that employ genus-specific primers. The use of molecular biological methods is promising for improving the diagnosis of rabies and epidemiological surveillance, as well as increasing the efficiency of the system of biological safety of the population of the Russian Federation.
Введение. На территории России были выявлены четыре вида лиссавирусов (род Lyssavirus), представители трёх из них являлись причиной гибели людей. Цель охарактеризовать случаи гибели людей после контактов с рукокрылыми на территории Дальнего Востока в 20182021 гг. и типировать выделенные патогены. Материалы и методы. Лиссавирусную инфекцию подтверждали в образцах секционного материала от людей, погибших в Амурской области в 2019 г. и в Приморском крае в 2019 и 2021 гг. Диагностику поводили методом флуоресцирующих антител, Real-time ПЦР, используя диагностикумы отечественного производства. Вирусы выделены в биопробе. Последовательности нуклеопротеина анализировали на уровне 1-го пассажа. Анализ филогенетических отношений и построение дендрограмм выполняли в программе MEGA7. Результаты. Было установлено, что вирусы, вызвавшие гибель людей в Амурской области и Приморском крае, более чем на 90% идентичны лиссавирусам Иркут (вид Lyssavirus irkut), выявленным на территории России и Китая, и образуют с ними отдельный монофилетический кластер со 100%-й бутстреп-поддержкой. Заключение. На территории России актуален мониторинг популяций летучих мышей на заражённость лиссавирусами. Секционный материал людей, погибших от энцефаломиелита неустановленной этиологии в пределах 1015 дней от начала болезни, необходимо исследовать на лиссавирусную инфекцию. Требуется разработка ПЦР-тест-систем, включающих родоспецифичные праймеры. Применение молекулярно-биологических методов является перспективным в плане развития диагностики бешенства для совершенствования эпидемиологического надзора и повышения эффективности системы биологической защиты населения Российской Федерации.
Keywords: Lysavirus irkut; Russia; cheiroptera; lyssavirus encephalitis; rabies lyssavirus.