Objective: To interrogate the circulating SARS-CoV-2 lin-eages and recombinant variants in persons living in migrant shelters and persons who inject drugs (PWID).
Materials and methods: We combined data from two studies with marginalized populations (migrants in shelters and persons who inject drugs) in Tijuana, Mexico. SARS-CoV-2 variants were identified on nasal swabs specimens and compared to publicly available genomes sampled in Mexico and California.
Results: All but 2 of the 10 lineages identified were predomi-nantly detected in North and Central America. Discrepan-cies between migrants and PWID can be explained by the temporal emergence and short time span of most of these lineages in the region.
Conclusion: The results illustrate the temporo-spatial structure for SARS-CoV-2 lineage dispersal and the potential co-circulation of multiple lineages in high-risk populations with close social contacts. These conditions create the potential for recombination to take place in the California-Baja California border.
OBJECTIVO:: Investigar los linajes circulantes y variantes recombinantes de SARS-CoV-2 en migrantes en albergues y usuarios de drogas inyectables (UDI).
MÉTODOS:: Combinamos datos de dos estudios con poblaciones marginadas (migrantes en albergues y UDI) en Tijuana, México. Se identificaron variantes de SARS-CoV-2 en exudado nasal y se compararon con genomas disponibles públicamente de muestras de México y California.
RESULTADOS:: Ocho de 10 linajes identificados se detectaron principalmente en Norte y Centro América. Las discrepancias entre migrantes y UDI se pueden explicar por la emergencia temporal y la corta duración de la mayoría de estos linajes en la región.
DISCUSIÓN:: Los resultados ilustran la estructura temporo-espacial de la dispersión de linajes de SARS-CoV-2, y la circulación posible de linajes múltiples en poblaciones en riesgo con contactos sociales estrechos. Estas condiciones generan el potencial de recombinación en la frontera California-Baja California.