Molecular characterization of colorectal cancer patients

Biomedica. 2022 May 1;42(Sp. 1):154-171. doi: 10.7705/biomedica.5957.
[Article in English, Spanish]

Abstract

Introduction: Colorectal cancer has a high incidence in the world population. Different molecular pathways, such as chromosomal instability, microsatellite instability, and epigenetics are involved in its development. Objective: To perform molecular characterization in 44 individuals with sporadic colorectal cancer. Materials and methods: We conducted mutation analyses of the APC, KRAS, TP53 y BRAF genes using Sanger sequencing techniques; microsatellite instability was determined by capillary electrophoresis with five STR genetic markers while the methylation status of the MHL1 promotor gene was analyzed using methylation-specific PCR. Results: APC, KRAS, and TP53 genes mutation frequency was 18.1%, 25%, and 4.5%, respectively; the somatic mutations detected were located more frequently in the right colon. The frequency of microsatellite instability was 27.2% and 73.1% of the tumors had the MHL1 gene methylated while 91.6% of microsatellite instability-positive tumors had the methylated MLH1 gene. The mutation profile of microsatellite stability tumors APC, KRAS, and TP53 genes was more frequent than in the microsatellite instability-positive tumors. The methylation of the MLH1 gene was the most predominant molecular alteration. Conclusions: We identified molecular alterations in different genetic pathways of the colorectal cancer patients evaluated, which are common in the carcinogenesis of this cancer. These patients showed a different mutational profile compared to other populations. Our findings confirm the molecular heterogeneity described in the development of colorectal cancer.

Introducción. El cáncer colorrectal tiene una alta incidencia en la población mundial. Diversas vías moleculares están involucradas en su desarrollo, entre ellas, la inestabilidad cromosómica, la inestabilidad microsatelital y la epigenética. Objetivo. Hacer la caracterización molecular de 44 individuos con cáncer colorrectal esporádico. Materiales y métodos. El análisis de mutaciones en los genes APC, KRAS, TP53 y BRAF se hizo mediante secuenciación de Sanger; la inestabilidad microsatelital se determinó mediante electroforesis capilar utilizando cinco marcadores de repetición corta en tándem (Short Tandem Repeat) y el estado de metilación del promotor del gen MLH1 se hizo con la técnica MS-PCR (Methylation-Specific PCR). Resultados. La frecuencia de mutación de los genes APC, KRAS y TP53 fue del 18,1, 25 y 4,5 %, respectivamente; las mutaciones detectadas se localizaron con mayor frecuencia en el colon derecho. La frecuencia de inestabilidad microsatelital fue del 27,2 % y el 73,1 % en los tumores con metilación en el gen MHL1, y el 91,6 % de los tumores con inestabilidad microsatelital presentaba metilación en el gen MLH1. En el grupo de tumores con estabilidad microsatelital, las mutaciones en los genes APC, KRAS y TP53 fueron más frecuentes que en el grupo de tumores con inestabilidad microsatelital. La metilación del gen MLH1 fue la alteración más predominante. Conclusiones. En los pacientes con cáncer colorrectal evaluados se demostró la presencia de alteraciones moleculares en las diferentes vías genéticas, las cuales son comunes en su carcinogénesis. Los pacientes presentaron un perfil de mutaciones diferente al de otras poblaciones. Los hallazgos obtenidos en este estudio confirman la heterogeneidad molecular descrita en el desarrollo del cáncer colorrectal.

Keywords: neoplasias colorrectales/genética; genes supresores de tumor; oncogenes; heterogeneidad genética; inestabilidad de microsatélites; epigenómica.

MeSH terms

  • Colorectal Neoplasms* / genetics
  • Humans
  • Microsatellite Instability*
  • Proto-Oncogene Proteins p21(ras) / genetics
  • Retrospective Studies

Substances

  • Proto-Oncogene Proteins p21(ras)