Frequency and clinical relevance of DPYD genetic variants in gastrointestinal cancer patients

Farm Hosp. 2021 Dec 21;45(7):5-10.

Abstract

Objective: To determine the prevalence of loss-of-function variants in the dihydropyrimidine dehydrogenase gene in patients with gastrointestinal neoplasms, assess their clinical relevance, and evaluate the implementation of a multidisciplinary circuit at three months from its implementation.

Method: This is a descriptive, observational and retrospective study, which included adult patients with gastrointestinal cancer treated at a tertiary university hospital who underwent dihydropyrimidine dehydrogenase genotyping between September 2019 and December 2020. The variables collected were sex, age, type of cancer, location, stage, treatment received, indication of treatment and degree of toxicity developed during the first three cycles. The genotyped variants were rs3918290 (c.1905+1G>A), rs55886062 (c.1679T>G), rs67376798 (c.2846A>T) and rs75017182 (c.1129-5923C>G).

Results: A total of 115 patients were included. The frequency of heterozygous dihydropyrimidine dehydrogenase variant carriers was 9.6% (11 patients). The most frequently identified variant was rs75017182 (6 patients). The second most common variant was rs67376798 (3 patients), followed by rs3918290 (2 patients). No patients presented with the rs55886062 variant. Two of the dihydropyrimidine dehydrogenase carriers developed grade 3-5 toxicity after the first cycle of a regimen that included fluoropyrimidines. Both received full doses of fluoropyrimidine, since their dihydropyrimidine dehydrogenase genotype was unknown before treatment initiation. None of the dihydropyrimidine dehydrogenase carriers who began treatment with a reduced dose of fluoropyrimidine experienced grade 3-5 toxicity. Since the creation in October 2020 of a multidisciplinary team, with the active participation of hospital pharmacists, the monthly average of dihydropyrimidine dehydrogenase genotyping studies has increased from 6.4 (January-October) to 17.5 (November-December).

Conclusions: The present study shows a relatively high prevalence of loss-of- function variants in the dihydropyrimidine dehydrogenase gene as well as the importance of genotyping such variants before starting a treatment with fluoropyrimidines. Hospital pharmacists can contribute to the implementation of pharmacogenetics in daily clinical practice in a tertiary hospital.

Objetivo: Determinar la prevalencia de variantes de pérdida de función en el gen de la dihidropirimidina deshidrogenasa (DPYD) en pacientes con tumores digestivos, valorar su relevancia clínica y evaluar la implementación de un circuito multidisciplinar tras tres meses de funcionamiento.Método: Estudio descriptivo, observacional y retrospectivo donde se incluyeron los pacientes adultos afectos de tumores digestivos, atendidos en un hospital universitario de tercer nivel, a los que se había afectuado el genotipado de DPYD entre septiembre de 2019 y diciembre de 2020. Las variables recogidas fueron sexo, edad, tipo de cáncer, localización, estadio, tratamiento recibido, indicación del tratamiento y grado de toxicidad desarrollado durante los tres primeros ciclos. Se genotiparon las variantes rs3918290 (c.1905+1G>A), rs55886062 (c.1679T>G), rs67376798 (c.2846A>T) y rs75017182 (c.1129-5923C>G).

Resultados: Se incluyeron 115 pacientes. La frecuencia de portadores en heterocigosis de variantes del gen DPYD fue del 9,6% (11 pacientes). La variante más frecuentemente identificada fue el rs75017182 (6 pacientes). La segunda variante más frecuente fue el rs67376798 (3 pacientes), seguida del rs3918290 (2 pacientes). Ningún paciente presentó la variante rs55886062. Dos de los pacientes portadores desarrollaron toxicidad grados 3-5 tras el primer ciclo de un esquema que incluía fluoropirimidinas. Ambos recibieron dosis plenas de fluoropirimidina, puesto que no se conocía el genotipo de DPYD antes de iniciar el tratamiento. Ninguno de los pacientes portadores que tmpezó el tratamiento con una dosis reducida de fluoropirimidina experimentó toxicidad grados 3-5. Desde la creación en octubre de 2020 de un equipo multidisciplinar, con participación activa del farmacéutico hospitalario, se ha incrementado el número de estudios de genotipado de DPYD de una media de 6,4 estudios mensuales (enero-octubre) a 17,5 (noviembre-diciembre).

Conclusiones: Nuestro estudio muestra la relativamente elevada prevalencia de variantes de pérdida de función en el gen DPYD, así como la importancia de genotiparlas antes de empezar un esquema de tratamiento que contenga fluoropirimidinas. El farmacéutico hospitalario puede contribuir a la implementación de la farmacogenética en la práctica clínica diaria en un hospital de tercer nivel.

Publication types

  • Observational Study

MeSH terms

  • Adult
  • Antimetabolites, Antineoplastic / therapeutic use
  • Dihydrouracil Dehydrogenase (NADP)* / genetics
  • Fluorouracil / therapeutic use
  • Gastrointestinal Neoplasms* / drug therapy
  • Gastrointestinal Neoplasms* / genetics
  • Humans
  • Retrospective Studies

Substances

  • Antimetabolites, Antineoplastic
  • Dihydrouracil Dehydrogenase (NADP)
  • Fluorouracil