Association between ТР53, MDM2 and NQO1 gene polymorphisms and viral load among women with human papillomavirus

Vavilovskii Zhurnal Genet Selektsii. 2022 Feb;26(1):59-64. doi: 10.18699/VJGB-22-09.

Abstract

The risk of cervical cancer is caused by persistent human papillomavirus (HPV) infection. Cervical cancer is the most frequent cancer among women. Our purpose was to investigate the association between TP53 215C>G (Pro72Arg), MDM2 -410T>G, and NQO1 609C>T gene polymorphisms with a high HPV load and the inf luence of gene-gene interactions on prolonged HPV infection. Eighty-nine women with a high HPV viral load and 114 healthy women were involved in a case-control study. Genotyping for TP53 215C>G (Pro72Arg) and MDM2 -410T>G SNPs was carried out by allele-specif ic PCR and genotyping for NQO1 609C>T was performed by a TaqMan assay. Quantitative analysis of HPV DNA was performed by AmpliSens® HPV HCR screen-titer-FRT test system. Gene-gene interactions were analyzed using the multifactor dimensionality reduction (MDR) method. The study of separate SNPs of MDM2 -410T>G and NQO1 609C>T genes did not reveal any statistically signif icant difference in genotype and allele frequencies among women within the two groups. The frequency of the 215G (72Arg) allele and 215GG (72Arg/ Arg) genotype of the TP53 gene was signif icantly higher in the case group than in the control group (OR = 1.74, 95 % CI = 1.10-2.73; p = 0.02 and OR = 1.97, 95 % CI = 1.13-3.46; p = 0.04, respectively). MDR analysis showed the signif icance of intergenic interactions of the three studied loci TP53 (rs1042522) - MDM2 (rs2279744) - NQO1 (rs1800566) for the formation of a high HPV load (OR = 3.05, 95 % CI = 1.73-5.46; p = 0.0001).

Риск рака шейки матки вызван персистирующей инфекцией вируса папилломы человека (ВПЧ). Наша цель – исследовать связь между полиморфизмами генов TP53 215C>G (Pro72Arg), MDM2 -410T>G и NQO1 609C>T с риском формирования высокой вирусной нагрузки при ВПЧ-инфекции. Восемьдесят девять женщин с высокой вирусной нагрузкой ВПЧ и 114 здоровых женщин были вовлечены в исследование случай–контроль. Генотипирование для SNP TP53 Pro72Arg и MDM2 -410T>G проводили методом аллель-специфичной ПЦР, а для NQO1 609C>T – путем анализа ПЦР в реальном времени с использованием TaqMan зондов. Количественный анализ ДНК ВПЧ выполняли с использованием тест-системы «АмплиСенс ВПЧ ВКР скрин-титр-FL». Анализ межгенных взаимодействий осуществляли с помощью алгоритма многофакторного снижения размерности (MDR). Исследование отдельных SNP генов, MDM2 -410T>G и NQO1 609C>T, не выявило статистически значимой разницы в частотах генотипов и аллелей среди женщин в двух группах. Частота аллеля 72Arg и генотипа 72Arg/Arg гена TP53 в группе ВПЧ-инфицированных женщин была значительно выше, чем в контрольной группе (OR = 1.74, 95 % CI = 1.10–2.73; p = 0.02 и OR = 1.97, 95 % CI = 1.13–3.46; p = 0.04 соответственно). MDR-анализ показал значимость межгенных взаимодействий исследуемых локусов TP53 (rs1042522) – MDM2 (rs2279744) – NQO1 (rs1800566) для формирования высокой нагрузки ВПЧ (OR = 3.05, 95 % CI = 1.73–5.46; p = 0. 0001).

Keywords: MDM2; NQO1; TP53; human papillomavirus; polymorphism; viral load.