Intraspecific classification of cultivated plants is necessary for the conservation of biological diversity, study of their origin and their phylogeny. The modern cultivated wheat species originated from three wild diploid ancestors as a result of several rounds of genome doubling and are represented by di-, tetra- and hexaploid species. The identification of wheat ploidy level is one of the main stages of their taxonomy. Such classification is possible based on visual analysis of the wheat spike traits. The aim of this study is to investigate the morphological characteristics of spikes for hexa- and tetraploid wheat species based on the method of high-performance phenotyping. Phenotyping of the quantitative characteristics of the spike of 17 wheat species (595 plants, 3348 images), including eight tetraploids (Triticum aethiopicum, T. dicoccoides, T. dicoccum, T. durum, T. militinae, T. polonicum, T. timopheevii, and T. turgidum) and nine hexaploids (T. compactum, T. aestivum, i:ANK-23 (near-isogenic line of T. aestivum cv. Novosibirskaya 67), T. antiquorum, T. spelta (including cv. Rother Sommer Kolben), T. petropavlovskyi, T. yunnanense, T. macha, T. sphaerococcum, and T. vavilovii), was performed. Wheat spike morphology was described on the basis of nine quantitative traits including shape, size and awns area of the spike. The traits were obtained as a result of image analysis using the WERecognizer program. A cluster analysis of plants according to the characteristics of the spike shape and comparison of their distributions in tetraploid and hexaploid species showed a higher variability of traits in hexaploid species compared to tetraploid ones. At the same time, the species themselves form two clusters in the visual characteristics of the spike. One type is predominantly hexaploid species (with the exception of one tetraploid, T. dicoccoides). The other group includes tetraploid ones (with the exception of three hexaploid ones, T. compactum, T. antiquorum, T. sphaerococcum, and i:ANK-23). Thus, it has been shown that the morphological characteristics of spikes for hexaploid and tetraploid wheat species, obtained on the basis of computer analysis of images, include differences, which are further used to develop methods for plant classifications by ploidy level and their species in an automatic mode.
Внутривидовая классификация культурных растений необходима для эффективного сохранения биологического разнообразия видов, изучения их происхождения, определения филогении и проведения межвидовой гибридизации при селекции. Современные возделываемые виды пшениц произошли от трех диких диплоидных предков в результате гибридизации и нескольких раундов удвоения геномов и представлены ди-, тетра- и гексаплоидными видами. Поэтому идентификация плоидности пшениц и определение их геномного состава являются одними из основных этапов их классификации на основе визуального анализа фенотипических признаков колоса. Цель работы – исследование морфологических характеристик колосьев полиплоидных видов пшеницы методами высокопроизводительного фенотипирования. Выполнено фенотипирование количественных характеристик колоса 17 видов пшеницы (595 растений, 3348 изображений), включая восемь тетраплоидных: Triticum aethiopicum, T. dicoccoides, T. dicoccum, T. durum, T. militinae, T. polonicum, T. timopheevii, T. turgidum и девять гексаплоидных: T. compactum, T. aestivum (в том числе изогенная линия сорта Новосибирская 67 АНК-23), T. antiquorum, T. spelta (включая стародавний сорт T. spelta Rother Sommer Kolben), T. petropavlovskyi, T. yunnanense, T. macha, T. sphaerococcum, T. vavilovii. Морфология колоса описана на основе девяти количественных признаков, включающих форму, размер и остистость. Признаки были получены в результате анализа цифровых изображений с помощью программы WERecognizer. Кластерный анализ растений по характеристикам формы колоса и сравнение их распределений у тетра- и гексаплоидных видов показали более высокую вариабельность признаков у гексаплоидных видов по сравнению с тетраплоидными. При этом сами виды в пространстве характеристик колоса формируют два кластера. К первому относятся преимущественно гексаплоидные виды, за исключением одного тетраплоидного, дикорастущего T. dicoccoides, ко второму – тетраплоидные, за исключением трех гексаплоидных, T. compactum, T. antiquorum, T. sphaerococcum, и i:АНК-23. Показано, что морфологические характеристики колосьев для гекса- и тетраплоидных видов, полученные на основе компьютерного анализа изображений, демонстрируют различия, которые в дальнейшем могут быть использованы для разработки методики эффективной классификации растений по плоидности и их видовой принадлежности в автоматическом режиме.
Keywords: biotechnology; computer vision; image processing; machine learning; phenomics; wheat; wheat spike morphology.
Copyright © AUTHORS, 2021.