After accumulating data through a nationwide survey, we characterized the recent prevalences and geographic distributions of various genotypes of infectious bronchitis virus (IBV) on layer farms in Japan. Reverse transcription PCR analysis of fecal samples revealed the presence of the IBV nucleoprotein (N) gene on approximately 30% of the farms surveyed. N-gene detection rates were higher in the Chugoku and Kyushu regions than in the remaining surveyed regions. Phylogenetic analysis of S1 gene sequences revealed that JP-I, JP-II, JP-III, and Massachusetts genotypes were particularly prevalent, with JP-I isolated throughout the country. Additionally, JP-II was the genotype detected most frequently in Chugoku, and JP-III was the most frequent in Kyushu. Unlike the previous results obtained in 1998 through 2003, the European-prevalent 4/91 genotype was no longer circulating in Japan. Moreover, the number of prefectures where multiple genotypes were detected simultaneously increased during that time.
Nota de Investigación- Muestreo nacional en Japón de los virus de la bronquitis infecciosa en granjas de postura durante el año 2015. Después de acumular datos a través de un muestreo a nivel nacional, se caracterizaron las prevalencias recientes y las distribuciones geográficas de varios genotipos del virus de la bronquitis infecciosa (IBV) en granjas de gallinas de postura en Japón. El análisis mediante transcripción reversa y PCR de muestras fecales reveló la presencia del gene de la nucleoproteína (N) del virus de la bronquitis infecciosa en aproximadamente el 30% de las granjas muestreadas. Las tasas de detección del gene N fueron más altas en las regiones de Chugoku y Kyushu en comparación con las regiones encuestadas restantes. El análisis filogenético de las secuencias del gene S1 reveló que los genotipos JP-I, JP-II, JP-III y Massachusetts eran particularmente prevalentes, siendo JP-I el genotipo aislado en todo el país. Además, JP-II fue el genotipo detectado con mayor frecuencia en Chugoku, y el genotipo JP-III fue el más frecuente en Kyushu. A diferencia de los resultados anteriores obtenidos desde el año 1998 hasta el 2003, el genotipo 4/91 prevalente en Europa ya no circulaba en Japón. Además, el número de prefecturas donde se detectaron de manera simultánea múltiples genotipos aumentó durante ese tiempo.
Keywords: Japan; genotype; infectious bronchitis virus; layer chicken.