Enterocytozoon bieneusi is a zoonotic fungal pathogen with a high degree of host diversity that can parasitize many animals, including humans. Pigs may play an important role in the epidemiology of E. bieneusi as reservoir hosts. Nevertheless, the genotypes of E. bieneusi in pigs in China remain poorly understood. The aim of this study was to determine the prevalence of E. bieneusi infection amongst pigs raised on farms from four cities of Hainan Province, using nested polymerase chain reaction (PCR) of the partial small subunit of the ribosomal RNA gene, and to identify genotypes of E. bieneusi isolates based on sequence analysis of the ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region. Among 188 stool samples, E. bieneusi was detected in 46.8% (88/188). Eight genotypes including four known (EbpA, CS-4, MJ14, and CHG19) and four novel (HNP-I - HNP-IV) genotypes were identified. Using phylogenetic analysis, genotypes EbpA, CS4, CHG19, HNP-III, and HNP-IV were clustered into zoonotic Group 1, while the remaining three genotypes (MJ14, HNP-I, and HNP-II) clustered into Group 10. The high prevalence of zoonotic genotypes of E. bieneusi among pigs suggests that pig farming is a potential source of human infection. Additionally, this is the first identification of genotypes in Group 10 in pigs indicating unique epidemic features of E. bieneusi in pigs in Hainan Province, the southernmost part of China.
Title: Détection moléculaire d’Enterocytozoon bieneusi chez les porcs d’élevage dans la province de Hainan en Chine : taux d’infection, répartition des génotypes et potentiel zoonotique.
Abstract: Enterocytozoon bieneusi est un pathogène fongique zoonotique avec une grande diversité d’hôte qui peut parasiter de nombreux animaux, y compris les humains. Les porcs peuvent jouer un rôle important dans l’épidémiologie d’E. bieneusi en tant qu’hôtes réservoirs. Néanmoins, les génotypes d’E. bieneusi chez le porc en Chine restent mal connus. Le but de cette étude était de déterminer la prévalence de l’infection par E. bieneusi chez les porcs élevés dans des fermes de quatre villes de la province de Hainan, en utilisant la réaction en chaîne par polymérase emboîtée (PCR) de la petite sous-unité partielle du gène de l’ARN ribosomal et de identifier les génotypes des isolats d’E. bieneusi sur la base d’une analyse de séquence de la région des espaceurs internes transcrits ribosomiques (ITS). Sur 188 échantillons de selles, E. bieneusi a été détecté dans 46,8 % (88/188). Huit génotypes, dont quatre génotypes connus (EbpA, CS-4, MJ14 et CHG19) et quatre génotypes nouveaux (HNP-I à IV), ont été identifiés. Dans une analyse phylogénétique, les génotypes EbpA, CS4, CHG19, HNP-III et HNP-IV étaient regroupés dans le groupe zoonotique 1, tandis que les trois génotypes restants (MJ14, HNP-I et HNP-II) étaient regroupés dans le groupe 10. La prévalence élevée des génotypes zoonotiques d’E. bieneusi chez les porcs suggère que l’élevage porcin est une source potentielle d’infection humaine. De plus, il s’agit de la première identification de génotypes du groupe 10 chez les porcs, indiquant des caractéristiques épidémiques uniques d’E. bieneusi chez les porcs dans la province de Hainan, la partie la plus méridionale de la Chine.
Keywords: Enterocytozoon bieneusi; Genotype; ITS region; Pigs.
© H.-H. Zhou et al., published by EDP Sciences, 2020.