Surveillance of H9N2 is currently focused on areas central to the commercial poultry industry. This study determined the prevalence of H9N2 virus in commercial and backyard poultry flocks in Punjab Province, Pakistan. Oral and tracheal swabs were collected from commercial and backyard poultry from January 2015 through June 2016. Antisera against H5, H7, H9, and Newcastle disease viruses were used for virus identification. Molecular confirmation was made by reverse transcription PCR. Avian influenza virus subtypes H5 and H7 were not detected. The H9N2 virus was isolated in 5.7% of 905 tested flocks (5-10 birds/flock). Prevalence in commercial and backyard poultry was 6.7% of 687 flocks and 2.7% of 218 flocks, respectively. Hemagglutinin and neuraminidase-gene-based phylogenetic analysis of commercial and backyard poultry isolates showed 100% homology. Within sublineage B2 of Pakistan, identity among most recent isolates (2015) was 100%, compared to 75%-99% identity with previously isolated viruses (2010-12), indicating continued virus evolution. Most of the previously reported and currently studied viruses were isolated near the Pakistan-India border. Phylogenetic analysis showed that Pakistani and Indian isolates were closely related, indicating that avian influenza virus transmission may occur across this border.
Prevalencia y filogenia del virus de la influenza H9N2 en avicultura de traspatio y comercial en Pakistán. La vigilancia del virus de influenza H9N2 se centra actualmente en áreas centrales de la industria avícola comercial. Este estudio determinó la prevalencia del virus de influenza H9N2 en parvadas comerciales y de traspatio en la provincia de Punjab, Pakistán. Se recolectaron hisopos orales y traqueales de aves comerciales y de traspatio desde enero del 2015 hasta junio del 2016. Se usaron antisueros contra los virus de la enfermedad H5, H7, H9 y contra Newcastle para la identificación del virus. La confirmación molecular se realizó mediante transcripción reversa y PCR. No se detectaron los subtipos H5 y H7 del virus de la influenza aviar. El virus H9N2 se aisló en 5.7% de 905 parvadas analizadas (5-10 aves/parvada). La prevalencia en aves comerciales y domésticas fue del 6.7% de 687 bandadas y de 2.7% de 218 bandadas, respectivamente. El análisis filogenético basado en el gene de la hemaglutinina y de la neuraminidasa de los aislamientos de aves comerciales y de traspatio mostró 100% de identidad genética. Dentro del sublinaje B2 de Pakistán, la identidad entre los aislados más recientes (2015) fue del 100%, en comparación con el 75% al 99% de identidad con los virus aislados previamente (años 2010 al 2012), lo que indica la continua evolución del virus. La mayoría de los virus previamente reportados y estudiados actualmente se aislaron cerca de la frontera entre Pakistán e India. El análisis filogenético mostró que los aislamientos de Pakistán e India estaban estrechamente relacionados, lo que indica que la transmisión del virus de la influenza aviar puede ocurrir a través de esta frontera.
Keywords: H9N2; Punjab; commercial poultry; hemagglutinin; neuraminidase; phylogenetic analysis; prevalence.