The ribosome profiling approach (Ribo-seq) is currently the most effective method to study the protein synthesis in vivo. This technique relies on sequencing of ribosome protected mRNA fragments (so-called ribosomal footprints) allowing to indicate the exact positions of ribosomes on transcripts. Advanced bioinformatic analysis of Ribo-seq data enables selection of ribosomal footprints originated from translating ribosomes, providing information about authentic translational status of mRNA. Here, authors present principles of ribosome profiling method with special attention to basic experimental and bioinformatics strategies important for obtaining satisfactory results. Review includes examples of applications of ribosome profiling technique in various biological systems, giving the significant insight into the translation process and its regulation.
Technika profilowania rybosomów (Ribo-seq) jest obecnie najefektywniejszą metodą badania procesu syntezy białek w warunkach in vivo. Ribo-seq polega na sekwencjonowaniu fragmentów mRNA ochranianych przez rybosomy (tzw. odcisków rybosomów), co pozwala na określenie dokładnej pozycji rybosomów na transkryptach. Zaawansowana analiza bioinformatyczna danych uzyskanych z sekwencjonowania umożliwia selekcję odcisków rybosomów pochodzących od translatujących rybosomów, dając informację o rzeczywistym statusie translacyjnym mRNA. Celem artykułu jest zapoznanie czytelników z metodą profilowania rybosomów oraz podstawowymi strategiami eksperymentalnymi i bioinformatycznymi, istotnymi w uzyskaniu satysfakcjonujących rezultatów. Ponadto artykuł przedstawia konkretne przykłady zastosowania techniki profilowania rybosomów w różnych systemach biologicznych, dając znaczący wgląd w proces translacji i jego regulację.