Background: Alcohol use disorder (AUD) is a chronic relapsing brain disease characterized by compulsive alcohol use, loss of control over alcohol intake, and a negative emotional state when not using (1). Abusive alcohol consumption directly affects a person's physical and psychological health and social life. The World Health Organization has shown that Lithuania is a leading country in pure alcohol consumption in the world (2). The aim of this study is to find novel genome variants that are associated with the AUD in the Lithuanian cohort.
Materials and methods: A case-control study included 294 individuals of Lithuanian ethnicity, who were divided into two groups based on their habits of alcohol use. Single nucleotide polymorphism array analysis was performed using Illumina HiScanSQ™ genome analyzer.
Results: Our study showed that rs686141T>C variant in NALCN gene is more prevalent in the non-drinker group compared to the alcohol drinker group (relative allele frequency, respectively: 0.38 and 0.27, OR = 0.60 (CI 95% 0.37-0.98), p = 0.0408). Meanwhile, rs6354C>A, in SLC6A4 gene, variant's genotype distribution showed statistically significant difference between the non-drinker and alcohol drinker group (distribution of genotypes in the case group: 9/72/172 (CC/CA/AA) and in the control group: 5/7/29, p = 0.0264).
Conclusion: We analyzed 23 genes associated with AUD and identified two novel genome variants (rs686141T>C and rs6354C>A). The study shows that genome analysis is an important tool for AUD research. The results supplement the known information about genes associated with AUD.
SantraukaĮžanga. Alkoholio vartojimo sutrikimas (AVS) – tai lėtinė atsinaujinanti nervų sistemos liga, kuri pasižymi alkoholio vartojimo priklausomybe, kontrolės praradimu jį vartojant ir neigiama emocine būsena, kai jis nevartojamas (1). Piktnaudžiavimas alkoholiu tiesiogiai veikia žmogaus fizinę, psichologinę sveikatą ir socialinį gyvenimą. Pasaulio sveikatos organizacijos duomenimis, Lietuva yra pirmaujanti šalis pasaulyje pagal grynojo alkoholio suvartojimą, tenkantį vienam žmogui (2). Dėl šių priežasčių pasirinktas tyrimo tikslas – identifikuoti naujus genomo variantus, susijusius su AVS Lietuvos kohortoje.Tiriamieji ir metodai. Tyrimo metu analizuoti 294 lietuvių kilmės asmenų, kurie pagal alkoholio vartojimo įpročius buvo suskirstyti į vartojančių ir nevartojančių grupes, duomenys. Genotipavimas atliktas vieno nukleotido polimorfizmais paremto lyginamosios genomo hibridizacijos metodu, naudojant Illumina HiScanSQ™ genetinį analizatorių.Rezultatai. Tyrimo rezultatai parodė, kad NALCN geno variantas rs686141T>C yra labiau paplitęs nevartojančių alkoholio grupėje, palyginti su alkoholį vartojančia grupe (santykinis alelio dažnis atitinkamai 0,38 ir 0,27, šansų santykis (ŠS) = 0,60 (pasikliautinas intervalas (PI) 95 % 0,37–0,98), p reikšmė = 0,0408). O rs6354C>A SLC6A4 geno varianto genotipų pasiskirstymo grupėse analizė parodė statistiškai reikšmingą skirtumą tarp alkoholį vartojančių ir nevartojančių asmenų grupių (genotipų pasiskirstymas atvejo grupėje: 9/72/172 (CC/CA/AA) ir kontrolinėje grupėje: 5/7/29, p reikšmė = 0,0264).Išvados. Atlikus 23 su AVS asocijuotų genų analizę nustatyti du genomo variantai (rs686141T>C ir rs6354C>A), kurie iki šiol nebuvo siejami su AVS. Tyrimas rodo, kad tolimesni genominiai tyrimai yra svarbi priemonė tiriant AVS. Gauti rezultatai papildo iki šiol gautą informaciją apie su AVS asocijuotus genus.Raktažodžiai: alkoholio vartojimo sutrikimas, Illumina HiScanSQ, genotipavimas, NALCN, SLC6A4.
Keywords: Alcohol Use Disorder; Illumina HiScanSQ; NALCN; SLC6A4; genotyping.