Aim: To simultaneously analyze HIV-1 samples from all Russian regions to characterize the epidemiology of HIV infection in the country as a whole.
Subjects and methods: The most extensive study was conducted to examine nucleotide sequences of the pol gene of HIV-1 samples isolated from HIV-positive persons in different regions of Russia, with the diagnosis date being fixed during 1987-2015. The nucleotide sequences of the HIV-1 genome were analyzed using computer programs and on-line applications to identify a virus subtype and new recombinant forms.
Results: The nucleotide sequences of the pol gene were analyzed in 1697 HIV-1 samples and the findings were that the genetic variant subtype A1 (IDU-A) was dominant throughout the entire territory of Russia (in more than 80% of all infection cases). Other virus variants circulating in Russia were analyzed; the phenomenon of the higher distribution of the recombinant form CRF63/02A in Siberia, which had been previously described in the literature, was also confirmed. Four new recombinant forms generated by the virus subtype A1 (IDU-A) and B and two AG recombinant forms were found. There was a larger genetic distance between the viruses of IDU-A variant circulating among the injecting drug users and those infected through heterosexual contact, as well as a change in the viruses of subtype G that caused the outbreak in the south of the country over time in 1988-1989.
Conclusion: The findings demonstrate continuous HIV-1 genetic variability and recombination over time in Russia, as well as increased genetic diversity with higher HIV infection rates in the population.
Цель исследования. Одновременный анализ образцов ВИЧ-1 из всех российских регионов для характеристики эпидемиологии ВИЧ-инфекции в стране в целом. Материалы и методы. Выполнено наиболее обширное исследование нуклеотидных последовательностей гена pol образцов ВИЧ-1, выделенных от позитивных по ВИЧ лиц из разных регионов России с датой установления диагноза 1987-2015 гг. Нуклеотидные последовательности генома ВИЧ-1 анализировали с помощью компьютерных программ и открытых он-лайн-приложений для определения подтипа вируса и выявления новых рекомбинантных форм. Результаты. Проведен анализ нуклеотидных последовательностей гена pol 1697 образцов ВИЧ-1 и получены данные о доминировании в России генетического варианта IDU-A подтипа А1 на всей территории России (более 80% всех случаев инфекции). Проведен анализ других вариантов вируса, циркулирующих в России, в том числе подтверждено ранее описанное в литературе явление увеличения степени распространения рекомбинанта CRF63_02A1 в Сибири. Выявлены 4 новые рекомбинантные формы, сформированные вирусами подтипа A1 (IDU-A) и B, а также две AG-рекомбинантные формы. Обнаружено увеличение генетической дистанции между вирусами варианта IDU-A, циркулирующими в среде потребителей инъекционных наркотиков и в среде лиц, инфицированных в результате гетеросексуальных контактов, а также изменение вируса подтипа G, вызвавшего вспышку на юге страны в 1988-1989 гг., с течением времени. Заключение. Полученные данные демонстрируют непрерывность процесса генетической изменчивости и рекомбинации ВИЧ-1 в России с течением времени, а также увеличение генетического разнообразия с увеличением степени пораженности населения ВИЧ-инфекцией.
Keywords: HIV-1; phylogenetic analysis; pol gene; recombinant; subtype.