Functional type 2 photosynthetic reaction centers found in the rare bacterial phylum Gemmatimonadetes

Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 May 27;111(21):7795-800. doi: 10.1073/pnas.1400295111. Epub 2014 May 12.

Abstract

Photosynthetic bacteria emerged on Earth more than 3 Gyr ago. To date, despite a long evolutionary history, species containing (bacterio)chlorophyll-based reaction centers have been reported in only 6 out of more than 30 formally described bacterial phyla: Cyanobacteria, Proteobacteria, Chlorobi, Chloroflexi, Firmicutes, and Acidobacteria. Here we describe a bacteriochlorophyll a-producing isolate AP64 that belongs to the poorly characterized phylum Gemmatimonadetes. This red-pigmented semiaerobic strain was isolated from a freshwater lake in the western Gobi Desert. It contains fully functional type 2 (pheophytin-quinone) photosynthetic reaction centers but does not assimilate inorganic carbon, suggesting that it performs a photoheterotrophic lifestyle. Full genome sequencing revealed the presence of a 42.3-kb-long photosynthesis gene cluster (PGC) in its genome. The organization and phylogeny of its photosynthesis genes suggests an ancient acquisition of PGC via horizontal transfer from purple phototrophic bacteria. The data presented here document that Gemmatimonadetes is the seventh bacterial phylum containing (bacterio)chlorophyll-based phototrophic species. To our knowledge, these data provide the first evidence that (bacterio)chlorophyll-based phototrophy can be transferred between distant bacterial phyla, providing new insights into the evolution of bacterial photosynthesis.

Keywords: aerobic photoheterotroph; anoxygenic photosynthesis; bacterial pigments; fluorescence imaging system; horizontal gene transfer.

Publication types

  • Research Support, Non-U.S. Gov't

MeSH terms

  • Bacteria / cytology*
  • Bacteria / genetics*
  • Bacteria / metabolism
  • Base Sequence
  • China
  • Cluster Analysis
  • Fluorometry
  • Lakes / microbiology*
  • Likelihood Functions
  • Microscopy, Fluorescence
  • Models, Genetic
  • Molecular Sequence Data
  • Photosystem II Protein Complex / genetics*
  • Photosystem II Protein Complex / metabolism
  • Phylogeny*
  • RNA, Ribosomal, 16S / genetics
  • Sequence Analysis, DNA
  • Species Specificity
  • Spectrum Analysis

Substances

  • Photosystem II Protein Complex
  • RNA, Ribosomal, 16S

Associated data

  • BioProject/AUXF00000000
  • GENBANK/KF481682
  • SRA/SRR94398
  • SRA/SRR94399
  • SRA/SRR94400
  • SRA/SRR94401
  • SRA/SRR94402
  • SRA/SRR94403
  • SRA/SRR94404
  • SRA/SRR94405
  • SRA/SRR94406
  • SRA/SRR94407
  • SRA/SRR94408
  • SRA/SRR94409
  • SRA/SRR94410
  • SRA/SRR94411
  • SRA/SRR94412
  • SRA/SRR94413
  • SRA/SRR94414
  • SRA/SRR94415
  • SRA/SRR94416
  • SRA/SRR94417
  • SRA/SRR94418
  • SRA/SRR94419
  • SRA/SRR94420
  • SRA/SRR94421
  • SRA/SRR94422
  • SRA/SRR94423
  • SRA/SRR94424
  • SRA/SRR94425
  • SRA/SRR94426
  • SRA/SRR94427
  • SRA/SRR94428
  • SRA/SRR94429
  • SRA/SRR94430
  • SRA/SRR94431
  • SRA/SRR94432
  • SRA/SRR94433
  • SRA/SRR94434
  • SRA/SRR94435
  • SRA/SRR94436
  • SRA/SRR94437
  • SRA/SRR94438
  • SRA/SRR94439
  • SRA/SRR94440
  • SRA/SRR94441
  • SRA/SRR94442
  • SRA/SRR94443
  • SRA/SRR94444
  • SRA/SRR94445
  • SRA/SRR94446
  • SRA/SRR94447
  • SRA/SRR94448
  • SRA/SRR94449
  • SRA/SRR94450
  • SRA/SRR94451
  • SRA/SRR94452
  • SRA/SRR94453
  • SRA/SRR94454
  • SRA/SRR94455
  • SRA/SRR94456
  • SRA/SRR94457
  • SRA/SRR94458
  • SRA/SRR94459
  • SRA/SRR94460
  • SRA/SRR94461
  • SRA/SRR94462
  • SRA/SRR94463
  • SRA/SRR94464
  • SRA/SRR94465
  • SRA/SRR94466
  • SRA/SRR94467
  • SRA/SRR94468
  • SRA/SRR94469
  • SRA/SRR94470
  • SRA/SRR94471
  • SRA/SRR94472
  • SRA/SRR94473
  • SRA/SRR94474
  • SRA/SRR94475
  • SRA/SRR94476
  • SRA/SRR94477
  • SRA/SRR94478
  • SRA/SRR94479
  • SRA/SRR94480
  • SRA/SRR94481
  • SRA/SRR94482
  • SRA/SRR94483
  • SRA/SRR94484
  • SRA/SRR94485
  • SRA/SRR94486
  • SRA/SRR94487
  • SRA/SRR94488
  • SRA/SRR94489
  • SRA/SRR94490
  • SRA/SRR94491
  • SRA/SRR94492
  • SRA/SRR94493
  • SRA/SRR94494
  • SRA/SRR94495
  • SRA/SRR94496
  • SRA/SRR94497
  • SRA/SRR94498
  • SRA/SRR94499
  • SRA/SRR94500
  • SRA/SRR94501
  • SRA/SRR94502
  • SRA/SRR94503
  • SRA/SRR94504
  • SRA/SRR94505
  • SRA/SRR94506
  • SRA/SRR94507
  • SRA/SRR94508
  • SRA/SRR94509
  • SRA/SRR94510
  • SRA/SRR94511
  • SRA/SRR94512
  • SRA/SRR94513
  • SRA/SRR94514
  • SRA/SRR94515
  • SRA/SRR94516
  • SRA/SRR94517
  • SRA/SRR94518
  • SRA/SRR94519
  • SRA/SRR94520
  • SRA/SRR94521
  • SRA/SRR94522
  • SRA/SRR94523
  • SRA/SRR94524
  • SRA/SRR94525
  • SRA/SRR94526
  • SRA/SRR94527
  • SRA/SRR94528
  • SRA/SRR94529
  • SRA/SRR94530
  • SRA/SRR94531
  • SRA/SRR94532
  • SRA/SRR94533
  • SRA/SRR94534
  • SRA/SRR94535
  • SRA/SRR94536
  • SRA/SRR94537
  • SRA/SRR94538
  • SRA/SRR94539
  • SRA/SRR94540
  • SRA/SRR94541
  • SRA/SRR94542
  • SRA/SRR94543
  • SRA/SRR94544
  • SRA/SRR94545
  • SRA/SRR94546
  • SRA/SRR94547
  • SRA/SRR94548
  • SRA/SRR94549
  • SRA/SRR94550
  • SRA/SRR94551
  • SRA/SRR94552
  • SRA/SRR94553
  • SRA/SRR94554
  • SRA/SRR94555
  • SRA/SRR94556
  • SRA/SRR94557
  • SRA/SRR94558
  • SRA/SRR94559
  • SRA/SRR94560
  • SRA/SRR94561
  • SRA/SRR94562
  • SRA/SRR94563
  • SRA/SRR94564
  • SRA/SRR94565
  • SRA/SRR94566
  • SRA/SRR94567
  • SRA/SRR94568
  • SRA/SRR94569
  • SRA/SRR94570
  • SRA/SRR94571
  • SRA/SRR94572
  • SRA/SRR94573
  • SRA/SRR94574
  • SRA/SRR94575
  • SRA/SRR94576
  • SRA/SRR94577
  • SRA/SRR94578
  • SRA/SRR94579
  • SRA/SRR94580
  • SRA/SRR94581
  • SRA/SRR94582
  • SRA/SRR94583
  • SRA/SRR94584
  • SRA/SRR94585
  • SRA/SRR94586
  • SRA/SRR94587
  • SRA/SRR94588
  • SRA/SRR94589
  • SRA/SRR94590
  • SRA/SRR94591
  • SRA/SRR94592
  • SRA/SRR94593
  • SRA/SRR94594
  • SRA/SRR94595
  • SRA/SRR94596
  • SRA/SRR94597
  • SRA/SRR94598
  • SRA/SRR94599
  • SRA/SRR94600
  • SRA/SRR94601
  • SRA/SRR94602
  • SRA/SRR94603
  • SRA/SRR94604
  • SRA/SRR94605
  • SRA/SRR94606
  • SRA/SRR94607
  • SRA/SRR94608
  • SRA/SRR94609
  • SRA/SRR94610
  • SRA/SRR94611
  • SRA/SRR94612
  • SRA/SRR94613
  • SRA/SRR94614
  • SRA/SRR94615
  • SRA/SRR94616
  • SRA/SRR94617
  • SRA/SRR94618
  • SRA/SRR94619
  • SRA/SRR94620
  • SRA/SRR94621
  • SRA/SRR94622
  • SRA/SRR94623
  • SRA/SRR94624
  • SRA/SRR94625
  • SRA/SRR94626
  • SRA/SRR94627
  • SRA/SRR94628
  • SRA/SRR94629
  • SRA/SRR94630
  • SRA/SRR94631
  • SRA/SRR94632
  • SRA/SRR94633
  • SRA/SRR94634
  • SRA/SRR94635
  • SRA/SRR94636
  • SRA/SRR94637
  • SRA/SRR94638
  • SRA/SRR94639
  • SRA/SRR94640
  • SRA/SRR94641
  • SRA/SRR94642
  • SRA/SRR94643
  • SRA/SRR94644
  • SRA/SRR94645
  • SRA/SRR94646
  • SRA/SRR94647
  • SRA/SRR94648
  • SRA/SRR94649
  • SRA/SRR94650
  • SRA/SRR94651
  • SRA/SRR94652
  • SRA/SRR94653
  • SRA/SRR94654
  • SRA/SRR94655
  • SRA/SRR94656
  • SRA/SRR94657
  • SRA/SRR94658
  • SRA/SRR94659
  • SRA/SRR94660
  • SRA/SRR94661
  • SRA/SRR94662
  • SRA/SRR94663
  • SRA/SRR94664
  • SRA/SRR94665
  • SRA/SRR94666
  • SRA/SRR94667
  • SRA/SRR94668
  • SRA/SRR94669
  • SRA/SRR94670
  • SRA/SRR94671
  • SRA/SRR94672
  • SRA/SRR94673
  • SRA/SRR94674
  • SRA/SRR94675
  • SRA/SRR94676
  • SRA/SRR94677
  • SRA/SRR94678
  • SRA/SRR94679
  • SRA/SRR94680
  • SRA/SRR94681
  • SRA/SRR94682
  • SRA/SRR94683
  • SRA/SRR94684
  • SRA/SRR94685
  • SRA/SRR94686
  • SRA/SRR94687
  • SRA/SRR94688
  • SRA/SRR94689
  • SRA/SRR94690
  • SRA/SRR94691
  • SRA/SRR94692
  • SRA/SRR94693
  • SRA/SRR94694
  • SRA/SRR94695
  • SRA/SRR94696
  • SRA/SRR94697
  • SRA/SRR94698
  • SRA/SRR94699
  • SRA/SRR94700
  • SRA/SRR94701
  • SRA/SRR94702
  • SRA/SRR94703
  • SRA/SRR94704
  • SRA/SRR94705
  • SRA/SRR94706
  • SRA/SRR94707
  • SRA/SRR94708
  • SRA/SRR94709
  • SRA/SRR94710
  • SRA/SRR94711
  • SRA/SRR94712
  • SRA/SRR94713
  • SRA/SRR94714
  • SRA/SRR94715
  • SRA/SRR94716
  • SRA/SRR94717
  • SRA/SRR94718
  • SRA/SRR94719
  • SRA/SRR94720
  • SRA/SRR94721
  • SRA/SRR94722
  • SRA/SRR94723
  • SRA/SRR94724
  • SRA/SRR94725
  • SRA/SRR94726
  • SRA/SRR94727
  • SRA/SRR94728
  • SRA/SRR94729
  • SRA/SRR94730
  • SRA/SRR94731
  • SRA/SRR94732
  • SRA/SRR94733
  • SRA/SRR94734
  • SRA/SRR94735
  • SRA/SRR94736
  • SRA/SRR94737
  • SRA/SRR94738
  • SRA/SRR94739
  • SRA/SRR94740
  • SRA/SRR94741
  • SRA/SRR94742
  • SRA/SRR94743
  • SRA/SRR94744
  • SRA/SRR94745
  • SRA/SRR94746
  • SRA/SRR94747
  • SRA/SRR94748
  • SRA/SRR94749
  • SRA/SRR94750
  • SRA/SRR94751
  • SRA/SRR94752
  • SRA/SRR94753
  • SRA/SRR94754
  • SRA/SRR94755
  • SRA/SRR94756
  • SRA/SRR94757
  • SRA/SRR94758
  • SRA/SRR94759
  • SRA/SRR94760
  • SRA/SRR94761
  • SRA/SRR94762
  • SRA/SRR94763
  • SRA/SRR94764
  • SRA/SRR94765
  • SRA/SRR94766
  • SRA/SRR94767
  • SRA/SRR94768
  • SRA/SRR94769
  • SRA/SRR94770
  • SRA/SRR94771
  • SRA/SRR94772
  • SRA/SRR94773
  • SRA/SRR94774
  • SRA/SRR94775
  • SRA/SRR94776
  • SRA/SRR94777
  • SRA/SRR94778
  • SRA/SRR94779
  • SRA/SRR94780
  • SRA/SRR94781
  • SRA/SRR94782
  • SRA/SRR94783
  • SRA/SRR94784
  • SRA/SRR94785
  • SRA/SRR94786
  • SRA/SRR94787
  • SRA/SRR94788
  • SRA/SRR94789
  • SRA/SRR94790
  • SRA/SRR94791
  • SRA/SRR94792
  • SRA/SRR94793
  • SRA/SRR94794
  • SRA/SRR94795
  • SRA/SRR94796
  • SRA/SRR94797
  • SRA/SRR94798
  • SRA/SRR94799
  • SRA/SRR94800
  • SRA/SRR94801
  • SRA/SRR94802
  • SRA/SRR94803
  • SRA/SRR94804
  • SRA/SRR94805
  • SRA/SRR94806
  • SRA/SRR94807
  • SRA/SRR94808
  • SRA/SRR94809
  • SRA/SRR94810
  • SRA/SRR94811
  • SRA/SRR94812
  • SRA/SRR94813
  • SRA/SRR94814
  • SRA/SRR94815
  • SRA/SRR94816
  • SRA/SRR94817
  • SRA/SRR94818
  • SRA/SRR94819
  • SRA/SRR94820
  • SRA/SRR94821
  • SRA/SRR94822
  • SRA/SRR94823
  • SRA/SRR94824
  • SRA/SRR94825
  • SRA/SRR94826
  • SRA/SRR94827
  • SRA/SRR94828
  • SRA/SRR94829
  • SRA/SRR94830
  • SRA/SRR94831
  • SRA/SRR94832
  • SRA/SRR94833
  • SRA/SRR94834
  • SRA/SRR94835
  • SRA/SRR94836
  • SRA/SRR94837
  • SRA/SRR94838
  • SRA/SRR94839
  • SRA/SRR94840
  • SRA/SRR94841
  • SRA/SRR94842
  • SRA/SRR94843
  • SRA/SRR94844
  • SRA/SRR94845
  • SRA/SRR94846
  • SRA/SRR94847
  • SRA/SRR94848
  • SRA/SRR94849
  • SRA/SRR94850
  • SRA/SRR94851
  • SRA/SRR94852
  • SRA/SRR94853
  • SRA/SRR94854
  • SRA/SRR94855
  • SRA/SRR94856
  • SRA/SRR94857
  • SRA/SRR94858
  • SRA/SRR94859
  • SRA/SRR94860
  • SRA/SRR94861
  • SRA/SRR94862
  • SRA/SRR94863
  • SRA/SRR94864
  • SRA/SRR94865
  • SRA/SRR94866
  • SRA/SRR94867
  • SRA/SRR94868
  • SRA/SRR94869
  • SRA/SRR94870
  • SRA/SRR94871
  • SRA/SRR94872
  • SRA/SRR94873
  • SRA/SRR94874
  • SRA/SRR94875
  • SRA/SRR94876
  • SRA/SRR94877
  • SRA/SRR94878
  • SRA/SRR94879
  • SRA/SRR94880
  • SRA/SRR94881
  • SRA/SRR94882
  • SRA/SRR94883
  • SRA/SRR94884
  • SRA/SRR94885
  • SRA/SRR94886
  • SRA/SRR94887
  • SRA/SRR94888
  • SRA/SRR94889
  • SRA/SRR94890
  • SRA/SRR94891
  • SRA/SRR94892
  • SRA/SRR94893
  • SRA/SRR94894
  • SRA/SRR94895
  • SRA/SRR94896
  • SRA/SRR94897
  • SRA/SRR94898
  • SRA/SRR94899
  • SRA/SRR94900
  • SRA/SRR94901
  • SRA/SRR94902
  • SRA/SRR94903
  • SRA/SRR94904
  • SRA/SRR94905
  • SRA/SRR94906
  • SRA/SRR94907
  • SRA/SRR94908
  • SRA/SRR94909
  • SRA/SRR94910
  • SRA/SRR94911
  • SRA/SRR94912
  • SRA/SRR94913
  • SRA/SRR94914
  • SRA/SRR94915
  • SRA/SRR94916
  • SRA/SRR94917
  • SRA/SRR94918
  • SRA/SRR94919
  • SRA/SRR94920
  • SRA/SRR94921
  • SRA/SRR94922
  • SRA/SRR94923
  • SRA/SRR94924
  • SRA/SRR94925
  • SRA/SRR94926
  • SRA/SRR94927
  • SRA/SRR94928
  • SRA/SRR94929
  • SRA/SRR94930
  • SRA/SRR94931
  • SRA/SRR94932
  • SRA/SRR94933
  • SRA/SRR94934
  • SRA/SRR94935
  • SRA/SRR94936
  • SRA/SRR94937
  • SRA/SRR94938
  • SRA/SRR94939
  • SRA/SRR94940
  • SRA/SRR94941
  • SRA/SRR94942
  • SRA/SRR94943
  • SRA/SRR94944
  • SRA/SRR94945
  • SRA/SRR94946
  • SRA/SRR94947
  • SRA/SRR94948
  • SRA/SRR94949
  • SRA/SRR94950
  • SRA/SRR94951
  • SRA/SRR94952
  • SRA/SRR94953
  • SRA/SRR94954
  • SRA/SRR94955
  • SRA/SRR94956
  • SRA/SRR94957
  • SRA/SRR94958
  • SRA/SRR94959
  • SRA/SRR94960
  • SRA/SRR94961
  • SRA/SRR94962
  • SRA/SRR94963
  • SRA/SRR94964
  • SRA/SRR94965
  • SRA/SRR94966
  • SRA/SRR94967
  • SRA/SRR94968
  • SRA/SRR94969
  • SRA/SRR94970
  • SRA/SRR94971
  • SRA/SRR94972
  • SRA/SRR94973
  • SRA/SRR94974
  • SRA/SRR94975
  • SRA/SRR94976
  • SRA/SRR94977
  • SRA/SRR94978
  • SRA/SRR94979
  • SRA/SRR94980
  • SRA/SRR94981
  • SRA/SRR94982
  • SRA/SRR94983
  • SRA/SRR94984
  • SRA/SRR94985
  • SRA/SRR94986
  • SRA/SRR94987
  • SRA/SRR94988