Objective: Follicular lymphoma (FL) is one of the most common lymphomas, and is characterized by t(14;18)(q32;q21) in more than 80% of patients. The aim of this study was to determine the rate of t(14;18) positivity based onthe detection of mbr or mcr in paraffin-embedded tissue samples.
Material and methods: The study included 32 paraffin-embedded tissue samples collected from 32 consecutive FL patients that were diagnosed and followed-up at our hospital between 1999 and 2006. The MBR breakpoint wasidentified based on real-time PCR using a LightCycler v.2.0 t(14;18) Quantification Kit (MBR), multiplex PCR, and seminestedPCR. To identify the mcr breakpoint, real-time PCR was performed using specific primers and the FastStart DNAMaster SYBR Green I Kit. To detect t(14;18) via fluorescence in situ hybridization (FISH) nuclei from paraffin-embeddedtissue sections were extracted and used together with LSI IgH (immunoglobulin heavy chain) (spectrum green)/bcl-2(B-cell leukemia-lymphoma 2) (spectrum orange) probes.
Results: The DNA and nuclei isolation success rate for B5 formalin-fixed, paraffin-embedded tissue sections (n = 12)was 42% and 33%, respectively, versus 95% and 60%, respectively, for 20 tissue sections fixed in formalin only. In all,24 paraffin-embedded tissue sections were analyzed and mbr positivity was observed in the DNA of 82.14% via seminested PCR, in 53.57% via multiplex PCR, and in 28.57% via real-time PCR. We did not detect mcr rearrangementin any of the samples. In all, 15 of 16 patients (93.75%) whose nuclei were successfully isolated were observed to bet(14;18) positive via the FISH method.
Conclusion: Semi-nested PCR and FISH facilitated the genetic characterization of FL tumors. As such, FISH and PCR complement each other and are both essential for detecting t(14;18) translocation.
Amaç: Foliküler lenfoma, lenfomalarda sıklıkla görülür ve hastaların %80 inden fazlası t(14;18) (q32;q21) translokasyonu ile karekterizedir. Bu çalışmada; 32 adet parafine gömülü doku örneğinde t(14;18) translokasyonunun tespiti için MBR ve mcr pozitifliği değerlendirildi. Gereç ve Yöntemler: MBR kırılma noktası LightCycler t(14;18) Quantification Kit (MBR) ile gerçek zamanlı PCR, multiplex PCR, and semi-nested PCR yöntemleri kullanılarak araştırıldı. mcr kırılma bölgesi spesifik primerler kullanılarak; Fast Start DNA Master SYBR Green I kiti kullanılarak gerçek-zamanlı bir cihazı olan LightCycler’ da değerlendirildi. t(14;18) (q32;q21) translokasyonunun floresans in situ hibridizasyon (FISH) yöntemi ile tespit edilebilmesi için; parafine-gömülü doku örneklerinden nükleus izolasyonu yapıldı ve örnekler IgH/bcl-2 dual color,dual fusion translokasyon probu ile inkübe edildi. Bulgular: B5- Formalin ile fikse edilen parafine-gömülü 12 adet doku örneğinde DNA ve nükleus izolasyonununda sırasıyla % 42 ve % 33 başarı elde edilirken, formalinle fikse edilen 20 adet doku örneğinde bu başarı sırasıyla % 95 ve % 60 e kadar yükselmiştir. DNA izolasyonu başarılı olan 24 adet parafine-gömülü doku örneğinde; MBR pozitifliği % 82.14 başarı gösterirken, multipleks PCR sonuçlarına göre başarı oranı % 53.57 ve gerçek-zamanlı PCR ile % 28.57 olarak bulunmuştur.MBR negatif örneklerde mcr yeniden düzenlenmesi çalışılmış pozitif sonuç elde edilmemiştir. Nukleus izolasyonu başarılı olan 16 örneğin 15 inde (% 93.75) t(14;18) (q32;21) translokasyonu FISH yöntemi ile pozitif olarak bulunmuştur. Sonuç: Sonuç olarak semi nested PCR ve FISH yöntemleri tümörün genetik karekterizasyonunun aydınlatılması için kullanılabilecek iki fonksiyonel moleküler metoddur. Bu nedenle FISH ve PCR yöntemlerinin birbirini tamamladığı ve t(14;18) translokasyonunun tespitinde oldukça önemli birer parametre olduğu düşünülmektedir.
Keywords: FISH; Follicular lymphoma; Multiplex PCR; Semi-nested PCR.