Sequences required for transcription termination at the intrinsic lambdatI terminator

Can J Microbiol. 2010 Feb;56(2):168-77. doi: 10.1139/w09-123.

Abstract

The lambdatI terminator is located approximately 280 bp beyond the lambdaint gene, and it has a typical structure of an intrinsic terminator. To identify sequences required for lambdatI transcription termination a set of deletion mutants were generated, either from the 5' or the 3' end onto the lambdatI region. The termination efficiency was determined by measuring galactokinase (galK) levels by Northern blot assays and by in vitro transcription termination. The importance of the uridines and the stability of the stem structure in the termination were demonstrated. The nontranscribed DNA beyond the 3' end also affects termination. Additionally, sequences upstream have a small effect on transcription termination. The in vivo RNA termination sites at lambdatI were determined by S1 mapping and were located at 8 different positions. Processing of transcripts from the 3' end confirmed the importance of the hairpin stem in protection against exonuclease.

Le terminateur λtlest localisé approximativement 280 pb au-delá du géne λint, et il posséde une structure typique d’un terminateur intrinséque. Afin d’identifier les séquences requises à la terminaison de la transcription de λtl, une série de mutants de délétion ont été générés, aux extrémités 5' ou 3', dans la région du géne λint. L’efficacité de terminaison a été déterminée en mesurant les niveaux de galactokinase (galK) par buvardage Northern et par terminaison de la transcription in vitro. L’importance de la présence de résidus uridine et de la stabilité de la structure en tige dans la terminaison ont été démontrées. L’ADN non transcrit situé au-delà de l’extrémité 3' affecte aussi la terminaison. De plus, les séquences présentes en amont ont un léger effet sur la terminaison de la transcription. Les sites de terminaison de l’ARN in vivo sur λtlont été determinés par cartographie S1 et ont été localisés à 8 positions différentes. La maturation moléculaire des transcrits de l'extrémité 3' a confirmé l'importance de la tige en épingle à cheveux dans la protection contre les exonucléases.

MeSH terms

  • Bacteriophage lambda / genetics
  • Bacteriophage lambda / physiology*
  • Base Pairing
  • Binding Sites
  • Blotting, Northern
  • DNA, Viral / genetics
  • Nucleic Acid Conformation
  • Sequence Deletion
  • Transcription, Genetic*

Substances

  • DNA, Viral