Dynamic Global Vegetation Models (DGVMs) provide a state-of-the-art process-based approach to study the complex interplay between vegetation and its physical environment. For example, they help to predict how terrestrial plants interact with climate, soils, disturbance and competition for resources. We argue that there is untapped potential for the use of DGVMs in ecological and ecophysiological research. One fundamental barrier to realize this potential is that many researchers with relevant expertize (ecology, plant physiology, soil science, etc.) lack access to the technical resources or awareness of the research potential of DGVMs. Here we present the Land Sites Platform (LSP): new software that facilitates single-site simulations with the Functionally Assembled Terrestrial Ecosystem Simulator, an advanced DGVM coupled with the Community Land Model. The LSP includes a Graphical User Interface and an Application Programming Interface, which improve the user experience and lower the technical thresholds for installing these model architectures and setting up model experiments. The software is distributed via version-controlled containers; researchers and students can run simulations directly on their personal computers or servers, with relatively low hardware requirements, and on different operating systems. Version 1.0 of the LSP supports site-level simulations. We provide input data for 20 established geo-ecological observation sites in Norway and workflows to add generic sites from public global datasets. The LSP makes standard model experiments with default data easily achievable (e.g., for educational or introductory purposes) while retaining flexibility for more advanced scientific uses. We further provide tools to visualize the model input and output, including simple examples to relate predictions to local observations. The LSP improves access to land surface and DGVM modelling as a building block of community cyberinfrastructure that may inspire new avenues for mechanistic ecosystem research across disciplines.
Dynamiske Globale Vegetasjonsmodeller (DGVM’er) er ledende prosessbaserte tilnaerminger til å forske på det komplekse samspillet mellom vegetasjonen og det fysiske miljøet. De kan, for eksempel, bidra til å simulere vekselvirkninger mellom planter og klima, jordsmonn, forstyrrelser og konkurranse om ressurser. Vi mener DGVM’er har ubrukt potensiale i økologisk og økofysiologisk forskning. Et grunnleggende problem er at mange forskere med relevant kompetanse (økologi, plantefysiologi, jordvitenskap osv.) ikke har tilgang til nødvendige tekniske ressurser eller god nok kjennskap til DGVM’er. Her presenterer vi en ny plattform for simuleringer av vegetasjon: Plattformen for lokal simulering av terrestrisk vegetasjon (“Land Sites Platform”; LSP). Plattformen utgjør ny programvare for lokale simuleringer med en avansert DGVM (“Functionally Assembled Terrestrial Ecosystem Simulator”; FATES) koblet til landoverflatemodellen “the Community Land Model” (CLM). LSP inkluderer et grafisk brukergrensesnitt og et programmeringsgrensesnitt for å forbedre brukeropplevelsen, samt å senke de tekniske tersklene for å installere modellen og sette opp modelleksperimenter. Programvaren distribueres via versjonskontrollerte, virtuelle datamaskiner. Forskere og studenter kan kjøre simuleringer direkte på sine personlige datamaskiner eller på servere, med relativt lave maskinvarekrav og på forskjellige operativsystemer. LSP versjon 1.0 støtter lokale simuleringer: Vi leverer forhåndsprosesserte data for 20 etablerte geoøkologiske lokaliteter i Norge og instruksjoner for å legge til generiske nye lokaliteter. LSP gjør modelleksperimenter med standarddata lett tilgjengelige, for eksempel i undervisning eller testing, samtidig som mulighetene til avansert, vitenskapelig bruk opprettholdes. Videre tilbyr vi verktøy for å visualisere data som driver modellen, modellens prediksjoner, og enkle eksempler der prediksjoner kan relateres til lokale observasjoner. LSP forbedrer tilgangen til landoverflate- og DGVM-modellering - en hjørnestein i inkluderende cyberinfrastruktur som kan inspirere til ny mekanistisk økosystemforskning på tvers av disipliner.
Keywords: Application Programming Interface (API); Community Land Model (CLM); Docker container; Dynamic Global Vegetation Model (DGVM); Functionally Assembled Terrestrial Ecosystem Simulator (FATES); Graphical User Interface (GUI); Land Surface Model (LSM); ecological modelling.
© 2023 The Authors. Global Change Biology published by John Wiley & Sons Ltd.