The participants of Hepatitis C virus (HCV) replication are both viral and host proteins. Therapeutic approaches based on activity inhibition of viral non-structural proteins NS3, NS5A, and NS5B are undergoing clinical trials. However, rapid mutation processes in the viral genome and acquisition of drug resistance to the existing drugs remain the main obstacles to fighting HCV. Identifying the host factors, exploring their role in HCV RNA replication, and studying viral effects on their expression is essential for understanding the mechanisms of viral replication and developing novel, effective curative approaches. It is known that the host factors PREB (prolactin regulatory element binding) and PLA2G4C (cytosolic phospholipase A2 gamma) are important for the functioning of the viral replicase complex and the formation of the platforms of HCV genome replication. The expression of PREB and PLA2G4C was significantly elevated in the presence of the HCV genome. However, the mechanisms of its regulation by HCV remain unknown. In this paper, using a text-mining technology provided by ANDSystem, we reconstructed and analyzed gene networks describing regulatory effects on the expression of PREB and PLA2G4C by HCV proteins. On the basis of the gene network analysis performed, we put forward hypotheses about the modulation of the host factors functions resulting from protein-protein interaction with HCV proteins. Among the viral proteins, NS3 showed the greatest number of regulatory linkages. We assumed that NS3 could inhibit the function of host transcription factor (TF) NOTCH1 by protein-protein interaction, leading to upregulation of PREB and PLA2G4C. Analysis of the gene networks and data on differential gene expression in HCV-infected cells allowed us to hypothesize further how HCV could regulate the expression of TFs, the binding sites of which are localized within PREB and PLA2G4C gene regions. The results obtained can be used for planning studies of the molecular-genetic mechanisms of viral-host interaction and searching for potential targets for anti-HCV therapy.
В репликации генома вируса гепатита С (ВГС) участвуют как вирусные, так и хозяйские белки. Терапевтические подходы, основанные на подавлении активности неструктурных вирусных белков NS3, NS5A, NS5B, проходят клинические испытания разных уровней. Однако быстрые мутационные процессы вирусного генома и приобретение лекарственной устойчивости остаются одними из главных препятствий в борьбе с ВГС. Идентификация и исследование клеточных факторов, участвующих в репликации РНК ВГС, а также регуляция вирусом их экспрессии важны для понимания механизмов репликации вируса и разработки эффективных подходов противовирусной терапии. Известно, что белок PREB, связывающий регуляторный элемент пролактина, и цитозольная фосфолипаза А2 гамма (PLA2G4C) играют важную роль в формировании платформ репликации РНК ВГС, а также в функционировании вирусной репликазы. Экспрессия генов PREB и PLA2G4C значительно увеличена в присутствии ВГС, но механизмы ее регуляции вирусными белками до сих пор не изучены. В данной работе с применением технологии текст-майнинга, реализованной в программно-информационной системе ANDSystem, реконструированы генные сети регуляции экспрессии генов человека PREB и PLA2G4C белками ВГС. На основании анализа генных сетей мы выдвинули гипотезы о регуляторных эффектах белков ВГС на функции хозяйских факторов в результате белок-белковых взаимодействий. Среди вирусных белков наибольшее количество регуляторных связей выявлено у вирусной протеазы NS3. Предположительно NS3 в результате белок-белкового взаимодействия подавляет активность транскрипционного фактора NOTCH1, что обусловливает активацию экспрессии PREB и PLA2G4C. Анализ генных сетей и данных о дифференциальной экспрессии генов в присутствии ВГС позволил нам также выдвинуть гипотезы о регуляции вирусом экспрессии транскрипционных факторов, сайты связывания которых находятся в районах генов PREB и PLA2G4C, и действии этих транскрипционных факторов на регуляцию транскрипции PREB и PLA2G4C. Полученные результаты могут быть использованы при планировании исследований по изучению молекулярно-генетических механизмов взаимодействия вирус–хозяин и поиска потенциальных мишеней для разработки лекарств против ВГС.
Keywords: HCV gene replication; PREB protein; gene networks; hepatitis C virus; host factors; phospholipase PLA2G4C; replicase HCV.
Copyright © AUTHORS.