Background: Differential diagnosis of supratentorial ependymomas is of particular difficulty in neurooncology due to nonspecific clinical and radiographic findings, a rare seen «classic» morphological picture, and a nonspecific immunophenotype. Thanks to molecular genetic methods, in particular real-time PCR, it has become possible to verify supratentorial ependymomas and identify their molecular group, on which further prognosis depends.
Objective: To develop a set of molecular genetic tests based on real-time PCR to verify supratentorial ependymomas.
Material and methods: 56 tissue samples were collected from patients with supratentorial ependymomas, WHO Grade II, and anaplastic ependymomas, WHO Grade III. We developed primers and fluorescent TaqMan probes for real-time PCR analysis to detect the ZFTA::RELA, ZFTA::MAML2, ZFTA::NCOA2, ZFTA::MAML3, YAP1::MAMLD1, and YAP1::FAM118B gene fusions. For immunohistochemical analysis, monoclonal rabbit anti-NF-kb p65 antibodies (HUABIO, China) were used, the study was carried out on AutostainerLink 48 immunostainer (DAKO, Denmark).
Results: Real-time PCR was able to verify the diagnosis for 69.9% (n=39) of samples and classify them into molecular groups of ZFTA- or YAP1-positive supratentorial ependymomas. Immunohistochemically it was possible to verify 58% (n=29) ependymomas.
Conclusion: Diagnosis by real-time PCR is a relatively fast, accessible and easily interpreted method that allows verification of the molecular group in 70% of cases of supratentorial ependymomas without the use of additional methods.
Дифференциальная диагностика супратенториальных эпендимом представляет особую сложность в нейроонкологии ввиду неспецифических клинических и рентгенологических данных, редко встречающейся «классической» морфологической картины, а также неспецифического иммунофенотипа. Благодаря молекулярно-генетическим методам, в частности ПЦР в режиме реального времени, стало возможно верифицировать супратенториальные эпендимомы и идентифицировать их молекулярную группу, от которой зависит дальнейший прогноз.
Цель исследования: Разработать комплекс молекулярно-генетических тестов на основе ПЦР в режиме реального времени, позволяющий верифицировать супратенториальные эпендимомы.
Материал и методы: Для данного исследования были отобраны 56 образцов опухолевой ткани от пациентов с супратенториально локализованной эпендимомой, WHO Grade II, и анапластической эпендимомой, WHO Grade III. Для диагностики методом ПЦР в режиме реального времени мы разработали праймеры и флюоресцентные TaqMan-зонды для детекции слияний генов ZFTA::RELA, ZFTA::MAML2, ZFTA::NCOA2, ZFTA::MAML3, YAP1::MAMLD1 и YAP1::FAM118B. Для иммуногистохимического исследования использовали моноклональные кроличьи антитела анти-NF-kb p65 (HUABIO, Китай), исследование проводили на иммуностейнере AutostainerLink 48 (DAKO, Дания).
Результаты: Методом ПЦР в режиме реального времени удалось верифицировать диагноз для 69,9% (n=39) образцов и классифицировать их на молекулярные группы ZFTA- или YAP1-позитивных супратенториальных эпендимом. Иммуногистохимически удалось верифицировать 58% (n=29) эпендимом.
Заключение: Диагностика методом ПЦР в режиме реального времени — сравнительно быстрый, доступный и легко интерпретируемый метод, позволяющий верифицировать молекулярную группу в 70% случаев супратенториальных эпендимом без применения дополнительных методов.
Keywords: CNS tumors; NF-kb p65; PCR; RELA; RNA; YAP1; ZFTA; neurooncology; supratentorial ependymoma.