An important goal of COVID-19 surveillance is to detect outbreaks using modern molecular epidemiology techniques based on methods to decode the full genome of the virus, since rapidly evolving RNA viruses, which include SARS-CoV-2, are constantly accumulating changes in their genomes. In addition to using these changes to identify the different virus lines spreading in the population, the availability of sequence information is very important. It will allow the identification of altered variants that may be more transmissible, cause more severe forms of disease, or be undetectable by existing diagnostic test systems. The global scientific community is particularly interested in changes in the spike protein (S-protein, Spike) because they are responsible for binding and penetration into the host cell, lead to false-negative results in diagnostic tests, and affect transmission rates, health outcomes, therapeutic interventions, and vaccine efficacy.Genomic surveillance uses next-generation sequencing (NGS) applications and makes data on the full genome of the virus available. These methods offer new means to detect variants that differ phenotypically or antigenically. This approach promotes earlier prediction as well as effective strategies to mitigate and contain outbreaks of SARS-CoV-2 and other new viruses long before they spread worldwide.Today, molecular typing of strains is playing an increasingly important role in this process, as it makes it possible to identify samples that share a common molecular «fingerprint».
Важной целью эпиднадзора за COVID-19 является выявление вспышек при помощи использования современных методов молекулярной эпидемиологии, основанных на способах расшифровки полного генома вируса, т. к. быстро эволюционирующие РНК-вирусы, к которым относится SARS-CoV-2, постоянно накапливают изменения в своих геномах. Помимо использования этих изменений для идентификации различных линий вируса, распространяющихся в популяции, очень важна доступность информации о последовательностях. Она позволит идентифицировать изменённые варианты, которые могут быть более трансмиссивными, вызывать более тяжёлые формы заболевания или не определяться существующими диагностическими тест-системами. Особый интерес мирового научного сообщества сосредоточен на изменениях в белке-шипе (S-белок, Spike), поскольку они ответственны за связывание и проникновение в клетку хозяина, приводят к получению ложноотрицательных результатов в диагностических тестах, влияют на частоту передачи, исходы для здоровья, терапевтические вмешательства и эффективность вакцины.Геномный надзор использует приложения секвенирования следующего поколения и обеспечивает доступность данных о полном геноме вируса. Эти методы предлагают новые средства для обнаружения вариантов, отличающихся фенотипически или антигенно. Такой подход способствует более раннему прогнозированию, а также созданию эффективных стратегий по смягчению и сдерживанию вспышек SARS-CoV-2 и других новых вирусов задолго до того, как они распространятся по всему миру.Сегодня молекулярное типирование штаммов играет всё более важную роль в этом процессе, т. к. даёт возможность выявлять образцы, имеющие общий молекулярный «отпечаток пальца».
Keywords: COVID-19; SARS-CoV-2; SARS-Cov-2; bioinformatic; next-generation sequencing.