Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) is one of the most important swine viruses globally, including in Ontario, Canada. Understanding the evolution and relation of the various PRRSV genotypes in Ontario can provide insight into the epidemiology of the virus. The objectives of this study were to i) describe the variability of PRRSV genotypes in Ontario swine herds, and ii) evaluate possible groupings based on PRRSV genomic data. Virus open reading frame 5 (ORF-5) sequences collected from 2010 to 2018 were obtained from the Animal Health Laboratory, University of Guelph and Bayesian phylogenetic models were created from these. The PRRSV population of Ontario was then categorized into 10 distinct clades. Model comparisons indicated that the model with a constant population assumption fit the data best, which suggests that the net change in the PRRS virus variation of the entire population over the last decade was low. Nonetheless, viruses grouped into individual clades showed temporal clustering during distinct time intervals of the entire study period (P < 0.01).
Le virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP) est l’un des virus porcins les plus importants au monde, y compris en Ontario, au Canada. Comprendre l’évolution et la relation des divers génotypes du VSRRP en Ontario peut donner un aperçu de l’épidémiologie du virus. Les objectifs de cette étude étaient de i) décrire la variabilité des génotypes du VSRRP dans les troupeaux de porcs de l’Ontario et ii) évaluer les regroupements possibles en fonction des données génomiques du VSRRP. Les séquences du cadre de lecture ouvert 5 du virus (ORF-5) recueillis de 2010 à 2018 ont été obtenues auprès du Laboratoire de santé animale de l’Université de Guelph et des modèles phylogénétiques bayésiens ont été créés à partir de ceux-ci. La population de VSRRP de l’Ontario a ensuite été classée en 10 clades distincts. Les comparaisons de modèles ont indiqué que le modèle avec une hypothèse de population constante correspondait le mieux aux données, ce qui suggère que le changement net de la variation du virus SRRP de l’ensemble de la population au cours de la dernière décennie était faible. Néanmoins, les virus regroupés en clades individuels ont montré un regroupement temporel à des intervalles de temps distincts de toute la période d’étude (P < 0,01).(Traduit par Docteur Serge Messier).
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