Longitudinal genetic studies of cognitive characteristics

Vavilovskii Zhurnal Genet Selektsii. 2020 Feb;24(1):87-95. doi: 10.18699/VJ20.599.

Abstract

The present review describes longitudinal studies of cognitive traits and functions determining the causes of their variations and their possible correction to prevent cognitive impairment. The present study reviews the involvement of such environmental factors as nutrition, prenatal maternal stress, social isolation and others in cognitive functioning. The role of epigenetic factors in the implementation of environmental effects in cognitive characteristics is revealed. Considering the epigenome significance, several studies were focused on the design of substances affecting methylation and histone modification, which can be used for the treatment of cognitive disorders. The appropriate correction of epigenetic factors related to environmental differences in cognitive abilities requires to determine the mechanisms of chromatin modifications and variations in DNA methylation. Transposons representing stress-sensitive DNA elements appeared to mediate the environmental influence on epigenetic modifications. They can explain the mechanism of transgenerational transfer of information on cognitive abilities. Recently, large-scale meta-analyses based on the results of studies, which identified genetic associations with various cognitive traits, were carried out. As a result, the role of genes actively expressed in the brain, such as BDNF, COMT, CADM2, CYP2D6, APBA1, CHRNA7, PDE1C, PDE4B, and PDE4D in cognitive abilities was revealed. The association between cognitive functioning and genes, which have been previously involved in developing psychiatric disorders (MEF2C, CYP2D6, FAM109B, SEPT3, NAGA, TCF20, NDUFA6 genes), was revealed, thus indicating the role of the similar mechanisms of genetic and neural networks in both normal cognition and cognitive impairment. An important role in both processes belongs to common epigenetic factors. The genes involved in DNA methylation (DNMT1, DNMT3B, and FTO), histone modifications (CREBBP, CUL4B, EHMT1, EP300, EZH2, HLCS, HUWE1, KAT6B, KMT2A, KMT2D, KMT2C, NSD1, WHSC1, and UBE2A) and chromatin remodeling (ACTB, ARID1A, ARID1B, ATRX, CHD2, CHD7, CHD8, SMARCA2, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SRCAP, and SS18L1) are associated with increased risk of psychiatric diseases with cognitive deficiency together with normal cognitive functioning. The data on the correlation between transgenerational epigenetic inheritance of cognitive abilities and the insert of transposable elements in intergenic regions is discussed. Transposons regulate genes functioning in the brain due to the processing of their transcripts into non-coding RNAs. The content, quantity and arrangement of transposable elements in human genome, which do not affect changes in nucleotide sequences of protein encoding genes, but affect their expression, can be transmitted to the next generation.

Рассмотрена роль лонгитюдных исследований когнитивных характеристик в определении причин, влияющих на познание, с целью возможной их коррекции для улучшения познавательных навыков. В данных исследованиях показано, что на развитие когнитивных функций влияют такие средовые факторы, как качество нутриентов, стресс во время гестации и характер социального окружения. Выявлены специфические эпигенетические изменения, выступающие в качестве посредников между генотипом и средой в реализации когнитивных функций. В связи с важным значением эпигенома перспективна разработка методов терапии когнитивных расстройств с использованием агентов, влияющих на метилирование и модификации гистонов. Развивающимся направлением в этой области является изучение некодирующих РНК, которые способны модифицировать эпи- генетические факторы. За последние годы проведены широкомасштабные метаанализы результатов исследова- ний роли генетических ассоциаций с различными когнитивными характеристиками. Показано значение активно экспрессирующихся в головном мозге генов, таких как BDNF, COMT, CADM2, CYP2D6, APBA1, CHRNA7, PDE1C, PDE4B, PDE4D. С физиологическим познанием оказались ассоциированы гены, вовлеченные в развитие психических заболеваний (MEF2C, CYP2D6, FAM109B, SEPT3, NAGA, TCF20, NDUFA6). В развитие психических заболеваний с ког- нитивным дефицитом вовлечены гены, участвующие в метилировании ДНК (DNMT1, DNMT3B, FTO), модификации гистонов (CREBBP, CUL4B, EHMT1, EP300, EZH2, HLCS, HUWE1, KAT6B, KMT2A, KMT2D, KMT2C, NSD1, WHSC1, UBE2A) и моделировании хроматина (ACTB, ARID1A, ARID1B, ATRX, CHD2, CHD7, CHD8, SMARCA2, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SRCAP, SS18L1), которые имеют значение в регуляции когнитивных функций у здоровых людей. Приведены дан- ные, позволяющие предположить, что трансгенерационное наследование когнитивных характеристик связано с некодирующими РНК, а также со способностью мобильных элементов, инсертированных в межгенные области, влиять на регуляцию функционирующих в головном мозге генов за счет процессинга транскриптов транспозо- нов в некодирующие РНК. Особенности состава, количества и распределения в геноме мобильных элементов, которые не изменяют нуклеотидные последовательности белок-кодирующих генов, но влияют на их экспрес- сию, могут передаваться из поколения в поколение.

Keywords: brain; cognitive functions; longitudinal studies; transposable elements.