The high-throughput method of "Next Generation Sequencing" (NGS) allows cost-effective decoding of the nucleotide sequences of millions of RNA molecules in a sample. This makes it possible to determine the number of distinct RNA molecules in tissues or cells and to use these data to draw conclusions. The entirety of RNAs, in particular mRNAs (messenger RNAs) as potential precursors of proteins, provides a comprehensive insight into the functional state of the cells and tissues under investigation. In addition to cell cultures or unfixed tissue, formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissue can also be analysed for this purpose using specific methods. In this overview, the methodological strategy and its application to the field of ophthalmic histopathology are presented.
Hochdurchsatzverfahren des „Next Generation Sequencing“ (NGS) erlauben es, kostengünstig die Nukleotidsequenzen von Millionen von RNA-Molekülen in einer Probe zu entschlüsseln. Dies ermöglicht, die Anzahl unterschiedlicher RNA-Moleküle in Gewebeverbänden oder Einzelzellen zu bestimmen und daraus Rückschlüsse zu ziehen. Dabei gibt die Gesamtheit der RNAs, insbesondere der mRNAs (messenger RNAs) als potenzielle Vorlagen für die Proteinexpression, einen umfassenden Einblick in den Funktionszustand der untersuchten Zellen und Gewebe. Hierfür können neben Zellkulturen oder frischem Gewebe mit speziellen Methoden auch formalinfixierte und in Paraffin (FFPE) eingebettete Präparate genutzt werden. In dieser Übersicht werden die methodische Strategie und ihr Einsatz im Bereich der ophthalmologischen Histopathologie dargestellt.
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