目的： 探讨使用新型超声组织处理仪配套环保试剂处理小活检组织对分子病理检测结果的影响。 方法： 选取63例送检冷冻诊断的新鲜组织，模拟小活检取材，其中肺癌12例、乳腺癌20例、结节性甲状腺肿3例、甲状腺乳头状癌3例、淋巴结反应性增生14例、卵巢高级别浆液性癌3例，每例取组织4条（2条/包埋盒，每例共2个包埋盒，大小为0.5 mm×1.0 cm）；结肠腺癌2例、胃腺癌4例、增殖期子宫内膜1例、皮肤鳞状细胞癌1例，每例取4块（2块/包埋盒，每例共2个包埋盒，大小为2 mm×2mm）。按处理流程的不同将每例样本分两组：常规组使用常规处理流程及试剂制作蜡块，实验组使用配套环保试剂的新型超声快速组织处理仪处理流程制作蜡块。两组蜡块切片同时进行HE和免疫组织化学染色，对比染色结果；HE质量控制合格后取32例进行荧光原位杂交HER2检测，31例提取DNA并进行DNA质量分析、10例行荧光定量PCR检测、13例行毛细管凝胶电泳检测和10例行Sanger测序检测。 结果： 部分实验组组织HE染色颜色较常规组色彩艳丽、层次更鲜明；个别免疫组织化学染色指标较常规组深，但不影响结果的判读，两种处理方法结果判读一致；实验组与常规组相比，乳腺浸润性导管癌、胃腺癌、肺浸润性腺癌行荧光原位杂交HER2制片的最适消化时间稍长（P<0.05），制片评分除肺浸润性腺癌实验组较常规组低外（P<0.05），乳腺浸润性腺癌、胃腺癌差异均无统计学意义（P>0.05）；DNA质量分析显示实验组100、200、300 bp大小DNA片段含量均较常规组低（P<0.05），无论实验组或常规组，DNA含量在100、200、300 bp大小呈逐渐减少趋势（P<0.01）；实验组和常规组行荧光定量PCR检测、毛细管凝胶电泳检测和Sanger测序检测的结果一致。 结论： 使用配套环保试剂的新型超声快速组织处理仪处理样本可高效缩短组织处理时间，虽然存在DNA片段化，但并不影响荧光原位杂交结果的判读和荧光定量PCR、毛细管凝胶电泳和Sanger测序的检测结果。.