Molecular testing for respiratory pathogens in sickle cell disease adult patients presenting with febrile acute chest syndrome

Med Mal Infect. 2020 Feb;50(1):49-56. doi: 10.1016/j.medmal.2019.04.391. Epub 2019 May 11.

Abstract

Background: Differentiating acute chest syndrome (ACS) from community-acquired pneumonia (CAP) is challenging in adults presenting with major sickle cell disease (SCD) (semiological similarity, rare microbiological documentation). We aimed to assess the usefulness of nucleic acid amplification test (NAAT) for respiratory pathogens, in combination with standard bacteriological investigations, in febrile ACS adult patients presenting with major SCD.

Methods: We performed a prospective, monocentric, observational study of 61 SCD adults presenting with febrile ACS from February 2015 to April 2016. Systematic blood, urine, and respiratory specimens were collected, before antibiotic initiation, for culture, urinary antigen tests, serology, and NAAT for respiratory pathogens.

Results: A pathogen was detected in 12 febrile ACS (19.7%): four viruses (6.6%) (Rhinovirus; Influenza A/B), seven bacteria (11.4%) (S. aureus, S. pneumoniae, K. pneumoniae, L. pneumophila, M. pneumoniae), one mixed infection (1.6%) (S. aureus and Influenza B). NAAT only detected L. pneumophila in one case (serogroup 2). Apart from a significantly shorter antibiotic therapy duration (6.1 vs. 7.8 days, P=0.045), no difference was observed between undocumented and microbiologically-documented febrile ACS.

Conclusion: Using NAAT for the detection of respiratory pathogens in adults presenting with SCD slightly improved the microbiological diagnostic of febrile ACS, although respiratory infections are not the main etiological factor.

Introduction: Lors d’un épisode pulmonaire aigu fébrile chez un sujet drépanocytaire, il est parfois difficile de différencier un syndrome thoracique aigu (STA) d’une pneumopathie infectieuse (ressemblance sémiologique, absence fréquente de documentation microbiologique). Notre objectif était d’évaluer l’apport de la PCR pour détecter des pathogènes respiratoires, en association avec les examens microbiologiques standards, dans la documentation microbiologique des STA fébriles des patients drépanocytaires adultes.

Matériels et méthodes: Étude prospective, monocentrique et observationnelle réalisée de février 2015 à avril 2016. Des échantillons sanguins, respiratoires et urinaires ont été prélevés systématiquement avant et après antibiothérapie à des fins de cultures, antigénuries, sérologies et PCR pour détecter des pathogènes respiratoires.

Résultats: Un pathogène a été détecté dans 12 des 61 STA fébriles (19,7 %) : quatre virus (6,6 %) (Rhinovirus; Influenza A/B), sept bactéries (11,4 %) (S. aureus, S. pneumoniae, K. pneumoniae, L. pneumophila, M. pneumoniae), une co-infection (1,6 %) (S. aureus et Influenza B). La PCR a détecté une seule infection à L. pneumophila (sérogroupe 2). Si la durée d’antibiothérapie était significativement plus courte (6,1 vs 7,8 jours, p = 0,045) dans le groupe des STA sans documentation microbiologique, aucune autre différence n’a été mise en évidence entre le groupe des STA microbiologiquement documentés et de ceux non documentés.

Conclusion: Chez les patients drépanocytaires adultes, l’utilisation de la PCR à la recherche de pathogènes respiratoires améliore modérément le diagnostic microbiologique des STA fébriles, dans lesquels la part infectieuse est secondaire.

Keywords: Acute community-acquired pneumonia; Biologie moléculaire; Drépanocytose; Nucleic acid detection; Pneumopathie aiguë communautaire; Sickle cell disease.

Publication types

  • Observational Study

MeSH terms

  • Acute Chest Syndrome / complications
  • Acute Chest Syndrome / microbiology*
  • Adult
  • Anemia, Sickle Cell / complications
  • Anemia, Sickle Cell / microbiology*
  • Bacteria / genetics
  • Bacteria / isolation & purification
  • Female
  • Fever / etiology
  • Fever / microbiology*
  • Humans
  • Male
  • Molecular Diagnostic Techniques
  • Nucleic Acid Amplification Techniques
  • Pneumonia, Bacterial / diagnosis*
  • Pneumonia, Bacterial / microbiology
  • Pneumonia, Viral / diagnosis*
  • Pneumonia, Viral / virology
  • Viruses / genetics
  • Viruses / isolation & purification
  • Young Adult