Whole-Genome Sequence of Hafnia alvei HUMV-5920, a Human Isolate

María Lázaro-Díez; Santiago Redondo-Salvo; Aroa Arboleya-Agudo; Javier Gonzalo Ocejo-Vinyals; Itziar Chapartegui-González; Alain A Ocampo-Sosa; Felix Acosta; Luis Martínez-Martínez; José Ramos-Vivas

doi:10.1128/genomeA.00556-16

Whole-Genome Sequence of Hafnia alvei HUMV-5920, a Human Isolate

Genome Announc. 2016 Jun 16;4(3):e00556-16. doi: 10.1128/genomeA.00556-16.

Authors

María Lázaro-Díez¹, Santiago Redondo-Salvo², Aroa Arboleya-Agudo³, Javier Gonzalo Ocejo-Vinyals⁴, Itziar Chapartegui-González³, Alain A Ocampo-Sosa¹, Felix Acosta⁵, Luis Martínez-Martínez⁶, José Ramos-Vivas⁷

Affiliations

¹ Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla, Santander, Cantabria, Spain Instituto de Investigación Sanitaria Valdecilla (IDIVAL), Santander, Cantabria, Spain Red Española de Investigación en Patología Infecciosa (REIPI), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain.
² Instituto de Investigación en Ingeniería de Aragón (I3A), Universidad de Zaragoza, Zaragoza, Spain.
³ Instituto de Investigación Sanitaria Valdecilla (IDIVAL), Santander, Cantabria, Spain.
⁴ Servicio de Inmunología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla-IDIVAL. Santander, Cantabria, Spain.
⁵ Grupo de Investigación en Acuicultura, Universidad de Las Palmas de Gran Canaria, Arucas, Gran Canaria, Spain.
⁶ Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla, Santander, Cantabria, Spain Instituto de Investigación Sanitaria Valdecilla (IDIVAL), Santander, Cantabria, Spain Red Española de Investigación en Patología Infecciosa (REIPI), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain Departamento de Biología Molecular, Universidad de Cantabria, Santander, Spain.
⁷ Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla, Santander, Cantabria, Spain Instituto de Investigación Sanitaria Valdecilla (IDIVAL), Santander, Cantabria, Spain Red Española de Investigación en Patología Infecciosa (REIPI), Instituto de Salud Carlos III, Madrid, Spain jvivas@idival.org.

Abstract

A clinical isolate of Hafnia alvei (strain HUMV-5920) was obtained from a urine sample from an adult patient. We report here its complete genome assembly using PacBio single-molecule real-time (SMRT) sequencing, which resulted in a chromosome with 4.5 Mb and a circular contig of 87 kb. About 4,146 protein-coding genes are predicted from this assembly.